葡萄胎的水泡样组织已超过子宫腔范围，侵入子宫肌层深部或在其他部位发生转移者，称为恶性葡萄胎。发生的机会为5％～20％的葡萄胎恶变成恶性葡萄胎或绒毛膜癌，多数在葡萄胎清除后6个月内发生，但亦有葡萄胎未排出之前就发生恶变者。恶性葡萄胎虽具有恶性肿瘤特点，但治疗及预后均较绒毛膜癌为好。