南京脑科医院儿童心理卫生研究中心成立于1984年，其前身南京脑科医院儿童精神科成立于1978年, 是我国第一所儿童心理卫生专业机构，由陶国泰教授出任首任中心所长。1986年被世界卫生组织聘任为“世界卫生组织儿童心理卫生科研和培训合作中心”，至2007年已连续六次被聘任为世界卫生组织的合作中心。1988年起被国家卫生部任命为中国儿童心理卫生指导中心，是卫生部儿童心理卫生专业人员培训基地。
目前儿童中心主要由三个部分组成：儿童心理卫生门诊、儿童康复部、儿童精神科住院部。儿童心理卫生门诊中开设了儿童心理卫生普通门诊、专家门诊、儿童心理咨询和心理治疗门诊、多动症、孤独症等专科门诊。儿童康复部内设有儿童少年心理评估室、儿童孤独症教育和行为干预中心、感觉统合训练室、脑功能生物反馈治疗室、微量生物电治疗室、儿童潜能开发训练室。儿童精神科住院部为半开放式病房，设有20张床位，分别有家庭式病房和集体病房，融医院、学校、家庭模式为一体。
中心现有医师12名，其中主任医师4人，副主任医师4人，具有硕士及硕士以上学位者4人，他们兼任了中华医学会儿童精神医学学组副主任委员、中国心理学会科普工作委员会副主任委员、中国心理卫生协会儿童、青少年专业委员会委员、江苏省心理学会医学心理学专业委员会副主任委员、江苏省心理学会常务理事等职，中心是精神病学、应用心理学硕士点，在各种儿童心理、行为及情绪障碍的临床诊治上积累了大量的病例和丰富的经验，多项诊治水平居国内领先地位。
