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睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等症及内分泌不平衡，雄性激素不足或是性生活过度、身体虚弱或在青少年刚发育期间手淫过频，使肾脏在发育时无能量去壮大发育性器官，形成阴茎萎缩。
阴茎萎缩的原因主要有：手淫、内分泌系统改变、龟头神经敏感度过高、包皮过长、体质虚弱、精神性因素等。
1、男性要戒除手淫。
2、保持阴茎的清洁。
可进行阴茎超声检查，阴茎海绵体造影。