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应排除淋菌性尿道炎。淋菌性尿道炎排出脓性分泌物为主要特征。淋病主要是通过性交传染，好发于青壮年，为我国性传播疾病中发病率最高的疾病，常是上尿路急性感染的迁移或慢性感染所致，亦可诱发或继发于某些下尿路病变。
衣原体性尿道炎与淋菌性尿道炎的鉴别：
临床病症 沙眼衣原体 淋球菌
潜伏期 1-3周 2-5日
发病 缓慢 突然
尿路刺激征 轻或无 多见
全身症状 无 偶见
尿道分泌物 少或无，粘液性或浆液性稀薄 常见，量多呈脓性
无症状带菌者 相当多 有，但不多
白细胞内G-双球菌 (一) (+)
病原菌培养 沙眼衣原体 淋球菌
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