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在疾病的早期或症状不典型时，应与以下疾病相鉴别：
1.风湿病 风湿热临床较为常见，一般有先期的链球菌感染史，抗“O”增高、皮下结节、关节炎及舞蹈病等症状体征，抗风湿治疗。
2.药物性眼损害 药物性眼损害有明确的服药史，如氯喹可引起与Fabrys病相似的角膜混浊现象。
3.心脑血管性疾病 年轻人出现严重的痛性神经病变或有抽风、偏瘫、人格与行为改变，伴进行性肾、心血管和脑血管的功能障碍，应想到本病，MRI可早期发现脑损害。
此外，注意与其他原因引起的肾小球肾炎和肾小管功能障碍的疾病相鉴别。
