崇州市妇幼保健院新生儿科成立于2000年，是目前市内各医疗机构中唯一的特色科室，目前拥有副主任医师1名，主治医师2名，护理人员10人，配备有呼吸机、CPAP、蓝光治疗仪、心电监护仪、新生儿保温箱、辐射抢救台、微量注射仪等多种国内先进的新生儿诊疗设备，并拥有完善的新生儿转运系统。可开展新生儿病理性黄疸、肠道外营养、呼吸支持、新生儿硬肿症、缺氧缺血性脑病等各种新生儿呼吸、肠道及神经系统疾病的诊断与治疗。科室与重庆医科大学附属儿童医院新生儿科携手合作，打造新生儿特色专科建设。
