肿瘤科是重庆市巴南区B级重点专科，花溪医院特色专科。拥有先进的全套肿瘤放射治疗设备：直线加速器、模拟定位机、高剂量率后装治疗机、钴-60治疗机、TPS治疗计划系统。是重庆市长江以南地区唯一能进行肿瘤放射治疗的机构。
该科医疗技术力量雄厚，由重庆医科大学肿瘤学博士导师李少林教授和从医30年以上的中西医结合肿瘤专家黄碧有主任医师主诊，对鼻咽癌、肺癌、食管癌、乳腺癌、大肠癌、口腔肿瘤、何杰金氏淋巴瘤、非何杰金氏淋巴瘤、胃癌和宫颈癌以及转移性肝癌等恶性肿瘤，采用了中西医结合综合治疗取得了满意的效果，治愈好转率达85％以上。
针对放、化疗对病员造成的毒副作用，肿瘤科主任黄碧有潜心研究十余年，采用中西医结合理论指导临床，经过反复筛选制成三胶扶正合剂。该合剂具有服药量少，见效快，药效显著，安全可靠，价格低廉，适用于各种肿瘤病人的各个阶段.该合剂通过临床及动物试验证明在提高患者免疫功能，快速升高白细胞，清除残余癌细胞，减少肿瘤复发，改善生存质量方面具有显著的临床疗效。
该合剂于2001年荣获巴南区科技进步一等奖，2003年荣获重庆市卫生局科技成果三等奖。
目前科室承担巴南区科委两项科研项目：《三胶扶正合剂对肿瘤细胞的抑制作用研究》，《难治性胃癌的同步放化疗临床研究》。
