新疆医科大学第一附属医院儿科专业成立于二十世纪五十年代末，经过几代人的努力，于1988年成为硕士生培养点，2009年成为博士生培养点，并于2013年8月医院将小儿内科与小儿外科重组，成立儿科中心。中心是一支以中青年医师为骨干的专业技术团队，现拥有教授2人，副教授5人，博士生导师2人，硕士生导师9人，该团队于近3年分别被评为新疆维吾尔自治区级临床重点专科、新疆医科大学支撑学科和新疆医科大学校级优秀团队，挂牌为“世界糖尿病基金会―中国儿童糖尿病管理项目中心”，并且通过药物临床试验机构（GCP）资格认定。
近5年，儿科中心主持国家自然科学基金3项，国际合作项目2项，省部级科研课题9项，参与国家多中心临床研究4项。发表SCI论文6篇，中华系列期刊论文20篇，国内核心期刊论文104篇。出版专著6部。获得省部级以上科研奖励7项。
中心现设有15个亚专业，分别为血液、肿瘤、内分泌、呼吸、消化、心血管、重症、肾病、神经、心外、胸外、神经外、骨外、普外、泌尿外。中心下设7个临床病区以及一个脑电图检查室和一个肺功能检查室，共设床位223张，医护人员140余人。平均每年收治住院患儿达9800人次，门诊诊治患儿达16万人次，年均外科手术达1400台次。儿科中心精湛的医疗技术、齐全的医疗设备，使全疆乃至中亚地区大量危重、疑难病症患儿前来就诊，现已建成具有现代诊疗模式和国内一流诊疗设备的儿科疑难病症诊断治疗中心。
儿科一直保持着治学严谨、教书育人的优良传统，注重对学生实行全面素质教育，近几年开展双语教学取得了很好的成绩。目前承担着临床医学系（五年和七年制）、麻醉系、口腔系、护理系、成教大专、专升本等众多系列的教学工作以及研究生和进修生培养任务。自建科以来，已培养百余名硕士研究生，桃李遍及新疆乃至北京、上海等地，其中大部分成为当地儿科界学科骨干。现有中华医学会儿科学会新疆分会主任委员1名及委员多名； 中华医学会儿科学分会呼吸学组常委1名，委员1名；中华医学会儿科学分会血液学组委员1名。
