巨野县中医院外科是我院的重点科室。随着医院的发展，外科现发展为一个技术先进，专业齐全的综合科室，科室共有副主任医师3名，主治医师7名，在省内外三甲医院进修学习1-2年科室分为：胃肠、肝胆 两腺 、血管、胸外、颅脑、泌尿等专业组。
巨野县中医院外科开展了肝外伤修补，胆囊切除，胆囊管切开取石、病理性脾切除、 胆管癌根治术、胃癌 、结肠癌、直肠癌、乳腺癌、甲状腺癌的根治术或改良根治术，颅脑外科开展了颅内血肿清除术，脑肿瘤清除术，三叉神经痛及癫痫的手术治疗，泌尿外科开展了膀胱肿瘤，肾肿瘤。前列腺癌的手术治疗，及泌尿系结石的碎石和手术取石，前列腺增生的开放性手术和非开放性手术， 胸外科开展了食道癌，肺癌，食道癌根治性手术，及气胸的综合治疗。尤其是近两年来，在医院的大力支持下，各专业组均有了长足的发展，住院病人中的大手术及危重病人成倍增加，深受广大患者的信赖和好评。
巨野县中医院外科还与省立医院，千佛山医院，济南军区总医院，济宁市人民医院，济宁医学院附院等上级医院建立了密切的业务关系，实行网上远程会诊，亲临指导等。健全了较为完善的专家会诊渠道病员范围扩展到周边县、市。
