肝科是医院的特色专科，设有三个病区，开放床位126张，拥有高级职称医师12人，中级职称医护人员15人。“病毒性肝炎学科”是绍兴市第一批临床医学重点学科。该科对各种病毒性肝炎、肝硬化(腹水)、肝癌、脂肪肝、药物性肝炎、自身免疫性肝病、酒精性肝病、乙肝病毒携带者及其他各种肝病的诊治积累了丰富的临床经验，技术力量雄厚、诊治手段先进。现已成功开展肝脏穿刺活检，腹水浓缩回输仪治疗顽固性腹水，人工肝支持系统治疗重型肝炎、高胆红素血症、肝性脑病等新技术、新项目。近年来采用中西医结合、内外科联动的方法对肝硬化、肝癌及并发症进行严密、系统的预防和治疗，取得了较好的临床效果。
该科科研成果丰硕，“复方叶下珠治疗慢性乙型肝炎疗效研究”、“拉米夫定治疗慢性重型乙型肝炎临床研究”、“脂肝净治疗脂肪肝疗效研究”等项目分别获省、市科技进步奖，并已广泛应用于临床，取得了良好的效益。同时，积极与上级医院交流合作，定期有上海瑞金医院传染科肝病专家来院查房、门诊等，附设有：浙医一院绍兴肝病诊治中心和绍兴市肝病研究所。
