针灸科是上海市公立医院中最早成立的科室之一，由黄羡明、司徒汉荪于1956年创建。在60年代，科室与五官科、麻醉科密切配合，完成了世界上首例针麻手术，造成了广泛的影响。穴位敷贴是科室老一辈针灸专家，在传统古验方的基础上，经数十年的临床实践后改进形成的，能达到“标本同治”疗效的特色疗法，在同行中有较高声誉。该法的应用范围也由最初的哮喘、慢性支气管炎扩充到了退行性骨关节病变、妇科内分泌等病症。目前，科室逐步形成了针灸治疗脊椎源性疾病（如颈椎病、腰椎间盘突出症等）、退行性病变（如膝骨关节炎等）、神经系统疾病（如周围性面瘫、中风后遗症等）、代谢性疾病（如单纯性肥胖病等）以及内科疑难病症（如失眠、肠道易激综合征等）等优势专病专科。
科室作为国际针灸培训基地，先后培训带教了来自数十个国家和地区的学员500人次，能胜任双语教学工作。近几年，科室成员先后承担并完成了国家自然科学基金、国家中医药管理局、上海市科委以及上海市卫生局等10余项科研基金，先后获得国家科技进步二等奖、国家中医药科技进步三等奖以及上海市科学技术进步三等奖各1项，在国内外学术期刊上发表学术论文60余篇，参编出版学术专著2部。
