福建省第二人民医院消化内科于1993年成立，是福建省中医脾胃病重点学科，Ⅱ级脾胃病实验室，卫生部中药新药临床药理研究基地脾胃病研究室。脾胃湿热证的现代研究及慢性萎缩性胃炎的中医药治疗居国内领先水平，先后获福建省科技进步奖二项，福建省医药卫生科技进步奖四项。
全国中医脾胃病专业委员会委员、中国中西医结合消化系统疾病专业委员会常务委员、福建省中医脾胃分会及中西医结合消化系统疾病专业委员会主任委员杨春波主任医师为学科带头人。消化内科现有人员23人，医生11人，护士12人，高级职称人员7名，博士1名，硕士5名，硕士生导师5人。
消化内科现有消化病门诊、病区、消化内镜室、呼气实验室、胃肠动力研究室、消化B超室等功能科室。年均门诊3.6万人次，特色门诊有：慢性胃炎门诊、慢性肝病门诊、胃肠疾病及Hp相关性疾病门诊、胆胰疾病门诊、胃肠动力门诊、消化道肿瘤门诊。病区床位43张，年收治患者400人次。研制专科特色制剂胃炎Ⅰ号、Ⅱ号、灵兰胶囊及口服液、清化饮、清化灭幽胶囊、仙叶合剂、灌肠Ⅰ号、Ⅱ号等。应用胃炎Ⅰ号、Ⅱ号治疗慢性萎缩性胃炎及清化饮治疗脾胃湿热证；开展幽门螺杆菌(HP)相关疾病诊治，研制纯中药制剂清化灭幽胶囊治疗HP感染；对胃肠动力障碍性疾病（如功能性消化不良、肠易激综合征等）的中医综合治疗；慢性乙型肝炎、脂肪肝、肝硬化、胆石症、急性胰腺炎的中西医结合治疗均取得很好的效果。
年内窥镜检查5000人次，除常规胃肠镜检查，还开展无痛苦麻醉胃肠镜检查和色素内镜检查。已开展的内镜下治疗技术如食管狭窄扩张术，食管腔内支架置入术，内镜下止血术，经内镜胆管内引流术+支架置入术，经内镜鼻胆管引流术，经十二指肠镜奥狄氏括约肌切开取石术，经内镜黏膜切除术。呼气实验室引进福建省首台德国WAGNER分析技术公司13C红外线同位素能谱分析仪（IRIS），该仪器为一台综合性检查设备，除了13C -尿素呼气实验检测幽门螺杆菌（HP），应用13C标记的不同底物可检测肝细胞功能，胰腺外分泌功能，胃排空功能。
