成立于建院初期，现有眼科专科医师8人，高级职称2人，中级职称4人，硕士生1人。科内专科齐全，技术特点鲜明，开设有白内障、眼底病、青光眼、角膜病、斜视弱视及眼部整形等7个专科方向，是亳州市开展眼科手术项目最多、年手术量最大、专业最为齐全、总体业务量最大的专业眼科。
亳州市人民医院眼科技术在市内处于领先地位，尤其白内障超声乳化联合折叠晶体植入达到省内先进水平。
1 白内障超声乳化：表面麻醉下透明角膜小切口白内障超声乳化折叠人工晶体植入（Phaco+IOL），表面麻醉，术程短（10-20min）、无痛、无血、不缝线，术后2小时即不用包眼；2007年，引进世界最新一代超声乳化仪美国Alcon公司Legecy2000（亳州唯一），使手术更上一层楼。近年来，在多焦人工晶体、非球面人工晶体植入及高度近视透明晶体置换等新技术的率先应用，实现了从复明手术向屈光手术这一高度提升。
2 眼底病专科: 拥有直接检眼镜、间接检眼镜、+90D裂隙灯前置镜及可打印数码分析裂隙灯拍摄系统，大大提高视网膜脱离、玻璃体出血、糖尿病视网膜病变、视神经炎症及缺血性疾病、眼底肿瘤等眼底病的确诊率。
3 医学验光配镜中心: 亳州市内唯一正规综合医疗单位下属眼科专科医学验光配镜中心，设置在我院门诊楼三楼候诊大厅，由我科直接管理（非市场合作），秉承专业医学验光宗旨，由多年临床经验眼科医师采用客观检影验光及进口全自动综合验光椅主观验光（亳州唯一），确保带给每位配镜者最清晰的世界。
4 斜视弱视及眼整形专科：2000起在亳州市内最早开展斜视弱视治疗，在复杂斜视手术矫正方面效果突出，对于各种大度数眼内外斜视在减少回归率的手术方案选择上经验丰富，眼整形专科形成自己特色的整形技术,开展眼睑美容（如：重睑、眼袋），眉再造，眼窝再造，一或二期活动性义眼座植入，内、外眦畸形修复，眼睑肿物及眼睑缺损修复，上睑下垂矫正，眼睑内外翻矫正以及其他眼部畸形的矫正修复等。
5 青光眼专科：建立起全市最为完备的青光眼早期诊断体系，拥有全自动视野计、视觉诱发电位、视网膜电图、眼电图等设备，创新性将晶体超声乳化手术广泛应用到青光眼的治疗，取得突破性的效果，为青光眼提供全新的治疗途径并获得良好的视觉质量。
科室通过不断的技术创新，以“一流实力创造一流视力”为目标，随着亳州市人民医院眼科影响力不断增大，“看眼科，还是人民医院眼科好！”的口碑正在越来越多亳州人心中传播。
