2008年8月6日，北京儿童医院新生儿中心正式成立。它位于儿童医院急救楼的四层、五层。中心设有2个病房，急救楼四层为新生儿中心内科病房，五层为新生儿中心加强病房(NICU)，共有近100张床位。
NICU可以开展持续气道正压通气、常规机械通气、NO吸入、高频通气 、腹膜透析及胃肠外营养、深静脉置管等治疗，每年救治危重新生儿约800例，抢救成功率达99%。新生儿中心内科病房可开展新生儿换血治疗，治疗新生儿Rh血型不合溶血病等高胆红素血症病人，避免胆红素脑病的发生。
中心拥有新生儿医师28名、护士60名。其中正主任医师3名，副主任医师8名，主治医师6名，技术力量雄厚。
中心主要收治自出生至生后28天新生儿，常见病包括新生儿黄疸、围产期窒息缺氧、新生儿感染、早产儿以及呼吸衰竭、惊厥、休克、胃肠功能衰竭、新生儿外科术后等危重症。对极低出生体重儿、新生儿呼吸窘迫综合症、胎粪吸入综合症、新生儿持续肺动脉高压、坏死性小肠结肠炎、休克、重症肺炎、败血症等疾病的救治达国内领先水平，对多种先天畸形、遗传代谢病等亦能得到及时诊断。并对出院的早产儿及其它危重新生儿进行随访，监测生长发育情况并给予养护和康复指导。
我中心还拥有3间母婴病房，内有电视、冰箱和独立卫生间，对有需求的家庭提供“特需”服务。同时还设有可视探视系统，病室中探视摄像头将患儿影像通过探视系统传递到探视间大屏幕上，家长可以清楚地看到患儿的全部情况。对于一些使用呼吸机治疗或是正在接受光疗的患儿，满足了家长看望孩子的迫切要求，同时避免了探视带来交叉感染的危险。
