北京儿童医院神经外科于2005年在中国工程院院士、博士生导师、著名儿外科专家张金哲教授带领下组建，目前床位由最初的8张扩大到22张，年均收治病患500余例，但仍不能满足大量病人住院需求。现有主任医师2人，副主任医师1人，主治医师3人，住院医师4人;硕士生导师1人，硕士研究生3人。
该科虽成立不久，但目前已收治了包括小儿神经外科全部病种的大量病例，在小儿颅内肿瘤、脊髓肿瘤、先天性神经系统畸形(如脊髓栓系综合征、脊膜膨出等)、脑积水及癫痫等疾病的诊治方面积累了丰富经验，在治疗先天性神经外科疾病方面处于国内领先位置，并取得了满意疗效。在儿童颅脑外伤治疗方面，尤其是治疗颅脑弥漫性轴索损伤取得了较好的疗效。同时广泛开展了显微医学外科手术，现主要为脑室镜及癫痫手术，手术满意率高，死亡率低、术后并发症少。
目前，神经外科仍处于蓬勃发展中，全体医护人员踏实努力工作，热心对待病患，积极拓展科研项目，希望能为更多得患儿解除病痛，为更多的家庭带来健康和快乐。
