北京儿童医院血液病中心是目前国内规模最大的儿童血液病中心，中心共设四个病区， 110 张床位;另设有专业治疗室、观察室、中心实验室等。每周一至周五均有血液专业门诊。
血液病中心共设四个病区，血一病房主要收治急性淋巴细胞白血病、急性非淋巴细胞白血病;血二病房主要收治淋巴瘤、实体瘤;血三病房主要收治包括各种贫血、溶血，再生障碍性贫血、血小板减少性紫癜、血友病、郎格罕细胞组织细胞增生症、高血氏病等各种儿童血液疾病，血四病房主要收治白血病，包括难治、复发白血病及骨髓移植的病人。另外还同时开放血检室，进行血常规、脑脊液筛查肿瘤细胞等检查;专业治疗室可进行化疗、骨穿、鞘注等操作。
我中心拥有110 张床位，其中干细胞移植病房的 4 张床位，可接纳北京及全国各地的血液病患儿。新白血病患者基本不用等床即可住院，入院后将做骨髓形态、组织化学染色、免疫分型、细胞遗传学及分子生物学检查，确定白血病类型及评估预后。治疗上选用与国际接轨的化疗方案。对于某些病例可考虑做造血干细胞移植。
