消化内科是第一批绍兴市临床医学重点学科。现有高级职称7名，中级职称6名，硕士研究生7名。科室率先在绍兴市内开展消化系疾病的内镜下治疗及介入治疗，擅长消化道出血、胃肠道肿瘤以及胆胰疾病的微创治疗及重症急性胰腺炎的内科综合治疗。科室开展急症内镜检查及内镜下止血术；上消化道异物急诊内镜下取出术；食管、胃底静脉曲张静脉套扎术；硬化剂注射术及组织粘合剂注射术；食管球囊及Savary探条扩张术治疗食管良性狭窄、贲门失驰症；食管金属支架植入术治疗食管恶性狭窄；经内镜急性结、直肠梗阻解除术；消化道息肉内镜下摘除术；结合超声内镜早期胃肠道癌内镜下切除术；介入超声的广泛深入开展：包括超声导引下PTBD、超声导引下肝脓疡置管引流术、肝囊肿洒精硬化术；经皮内镜下胃造瘘术；经内镜逆行胰胆管造影术（ERCP）、内镜下十二指肠乳头扩约肌切开术（EST）、球囊扩张术（EBS）、内镜下胆道结石碎石取石术、内镜下胆管内外引流术（包括各类支架及鼻胆管引流）；C14 尿素呼气试验诊断幽门螺杆菌（Hp）感染，幽门螺杆菌培养和药敏试验；胶囊内镜诊断；开展小肠镜诊治等项目。学科带头人朱新建主任担任省内镜学会常委、省医师协会消化分会委员、省内镜学会ERCP学组委员、省小肠学组委员、绍兴内科学会副主任委员，绍兴市消化内镜专业委员会主委。
