微生物检验科在市疾控中心中主要承担对各类传染性疾病和食品、化妆品、水质以及公共场所微生物污染状况的检验研究和应急处理工作，负责对相关基层机构进行微生物学技术指导，并为社会提供检验服务和技术合作；该科室拥有深圳市重点医学实验室—病原微生物学参比实验室。
