呼吸内科是上世纪九十年代建立的新学科，1993年内科病房成了呼吸组，1997年底扩建成呼吸内科，共拥有床位60张。随着呼吸内科的发展，科室已增设重症监护病房，现开设呼吸专科门诊、专病门诊及专家门诊，年门诊量6万余次，年病房出院人数达1200余人，成为医院十个重点科室之一。科室目前有各级医师17名，其中包括主任医师1名，副主任医师4名，主治医师5名。硕士研究生导师2名，博士2名，硕士3名及在读硕士3名。
科室配有肺功能仪、呼吸机、睡眠监测仪、电子支气管镜、心电监护仪等诊疗设备，对支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病、肺部肿瘤、肺结核及肺部弥漫性疾病、睡眠呼吸暂停综合症等疾病的诊治积累了丰富的经验，对于一些容易误诊漏诊的疾病如肺部异常阴影、不明原因的胸腔积液、不明原因的慢性咳嗽、不明原因的发热等进行了研究和总结，规范了诊断、鉴别诊断的常规和流程，并开展了经皮肺穿刺、支气管镜检查、支气管肺泡灌洗、TBLB、经支气管镜氩气刀治疗等技能，提高了确诊率，每年能确诊院内及外院转诊的疑难杂症上百例。
对于呼吸衰竭、重症哮喘、心力衰竭、急性呼吸窘迫综合症等呼吸系统的重症抢救方面，呼吸科亦进行了深入的临床研究和探索。特别是通过SARS、甲流感的诊治，提高了科室应用呼吸机的能力。近年来无创呼吸机的推广使用，减少了气管切开和气管插管，增加了老年病人使用呼吸机救治的的机会，提高了重危病人抢救成功率。呼吸科每年成功抢救危重病人100余例。
2007年起，呼吸科聘请了中华医学会呼吸分会主任委员、上海医学会肺科专科委员会主任委员、复旦大学中山医院呼吸科主任白春学教授担任常年医学顾问，提高了呼吸科各项综合临床能力，更好的促进了呼吸科的发展。
呼吸科注重科研推动学科发展，根据本地区疾病病谱的特点，开展临床研究，科室近年来承担科研课题18项，已完成7项，其中市、区级课题各一项，院级5项。目前在研课题11项，其中市级3项，区级1项，院级7项。近年来发表论文40余篇，其中国际杂志3篇，国内杂志30余篇。
呼吸科常年承担了上海中医药大学的课堂授课及中医大、同济、苏医大的临床教学工作，并与2006年起开始独立培养上海中医药大学研究生工作。自2007年起举办了二期省市级Ⅰ类学分继续教育学习班（睡眠呼吸暂停诊治进展学习班），并获得了良好的反响。
