儿科于1956年由全国知名老中医肖正安教授创建，近50年来，在著名中医儿科专家胡伯安、曾应台和中西医结合儿科专家吴康衡等人的带领和培育下，已逐步形成了一支具有较高学术水平的医、教、研学术队伍。科室现有四川省十大名医1人、四川省名中医5人、四川省中医药管理局学术带头人2人，博士导师5人，国家中医药管理局全国优秀中医临床人才1人。肾炎肾病专病门诊，是吴康衡教授于70年代创建的院第一个专病门诊，将中医传统的辨证论治和西医的辩病相结合，在长期的临床实践和科学研究中，逐步形成了一套“缓解―巩固―根治”的系列治疗方案，研制出了肾Ⅰ―Ⅵ号系列方，分别用于不同类型和不同阶段的肾炎肾病，使急性肾炎、单纯肾病、肾炎性肾病的治疗取得了很好的疗效。此外，对乙肝相关性肾炎、紫癜性肾炎、狼疮性肾炎等继发性肾炎肾病也有许多成功病例和较成熟的经验，对顽固性血尿和蛋白尿也有相当好的疗效。中西医结合哮喘专病门诊，临床治疗针对哮喘病人的不同病情和病期，根据中医、西医两法各自的特点，将两者有机的结合起来，分别施以恰当的治疗方法（或中药、或西药、或中西药配合使用，并有4个中药专科制剂），还开展雾化吸入、哮喘自我管理教育、三伏、三九敷贴疗法、肺功能检测、过敏原检测、ECP（哮喘炎症指标）检测，充分发挥了中西医结合的优势。呼吸疾病免疫治疗中心是四川省第一家最具规模和影响力的标准化疫苗特异性免疫治疗中心，专门对呼吸系统过敏性疾病：哮喘、过敏性鼻炎、部分皮炎等进行规范的免疫治疗。有关疗效在由钟南山院士组织的广州呼吸疾病研究所，沈阳军区总医院及苏州儿童医院等全国多中心临床试验中亦得到证实，且安全性极高。临床试验证明：“这种脱敏治疗方法可以有效减少过敏性疾病的发作，有望使过敏最常诱发的哮喘、鼻炎患者少吃一半药。”而阻断过敏，减少哮喘的发作，对于根治儿童哮喘更是具有特殊的意义。脾胃疾病，在李秀亮教授（博士生导师）带领下，进行小儿脾胃疾病的研究。
开展婴幼儿腹泻的防治研究，先后为省教委课题“中药口服止泻补液盐治疗小儿秋季腹泻的实验与临床研究”、 参与中医药管理局课题“益气健脾法对小儿脾虚腹泻的微生态环境影响的实验与临床研究”。小儿多动症采用中西医结合方法，临床疗效较好。
