肛肠科为四川省第二中医医院中医特色科室、四川省中医药管理局重点中医专科、四川省首批名中医工作室，融临床、科研、教学、预防为一体。
科室拥有该省一流的中西医结合肛肠专家团队，四川省名中医徐廷翰教授传承人2人，第三批全国优秀中医临床人才1名，第四批全国老中医药专家学术经验继承人2名，第四批四川省中医药管理局学术和技术带头人1人，第四批四川省拔尖中医师1人，第十批四川省学术和技术带头人后备人选1人，四川省中医药管理局第五批学术和技术带头人后备人选1任,四川省首届健康科普专家1人，四川省医疗事故鉴定专家1人、入选成都市优秀人才培养计划1人，局、市师承工作合作项目指导老师1人。
以中医为主，采用中西医结合的方法诊治肛肠疾病，尤其在慢性顽固性便秘、顽固性肛门坠胀、结直肠肿瘤、高位复杂性肛瘘、肛周脓肿、重度环状混合痔、直肠脱垂、坏死性筋膜炎、炎性肠病、骶尾部藏毛窦、先天性巨结肠等肛肠科疑难重症的诊治方面积累了丰富经验。为推进该省肛肠病事业的发展做出了较大贡献，成为该省中西医结合大肠肛门病专业委员会副主任委员单位和学科学术带头人,2016年该科学科带头人参与编写了我国首个《便秘外科诊治指南》。
特色专病：
【慢性便秘】
科室对便秘的基础理论、临床诊疗特点进行了系统的整理和研究，结合该院多年来对便秘的诊治经验，科室采用了便秘的鸡尾酒疗法――便秘综合诊疗方案，并总结了便秘诊疗的二十字原则“内外结合、中西合璧、身心同调、上下兼顾、分度论治”。在诊断方面，改良设计了出口梗阻型便秘的盆腔动态多重造影检查。在治疗方面，在国内较早的引进并应用腹腔镜技术治疗重度慢性顽固性便秘，开创了腹腔镜辅助选择性结肠切除术，并相继设计和开展了腹腔镜辅助经肛门NOS结肠次全切除术、双镜联合经肛门NOS选择性结肠切除术，在国内较早开展了经脐单孔腹腔镜次全结肠切除术。开创了经脐两孔腹腔镜次全结肠切除术、经脐两孔3D腹腔镜次全结肠切除术治疗重度慢性顽固性便秘，将便秘的微创化治疗发挥到了极致，达到国际领先水平。
【结直肠癌】
科室积极开展了微创手术，目前常规开展了腹腔镜下大肠癌根治术，如：腹腔镜下直肠癌前切除术、腹腔镜下直肠癌Miles手术、腹腔镜下右半结肠切除术、腹腔镜下左半结肠切除术、腹腔镜下全结肠切除术，并率先开展了腹腔镜辅助经肛门NOS手术（腹部无切口），在国内较早开展了经脐单孔腹腔镜结直肠手术，微创化水平达到国际领先水平。开展了结直肠癌的新辅助化疗，结直肠癌多学科的综合治疗（MDT），充分体现肿瘤病人的综合性及个体化治疗方案，术前新辅助化疗，直肠癌病人超低位保肛，TME手术，男性病人骶前神经丛的保护，使病人术后性功能得到重视和保护。术后运用中医药特色优势，采用中西医结合综合疗法，结直肠癌术后化疗减毒增效的效果明显，大大提高了患者生存率和生活质量。
专业特色：
【专科手术】 采用西医麻醉药进行中医穴位封闭与止痛中药局部外敷达到解决肛肠科术后疼痛的问题，其止痛时间一般两周，最少五天，基本解决了术后剧痛问题。将中医的丹药和挂线疗法与西医的成形引流术相结合创新的挂线多切口（小切口加丹药引流）术与粘膜肌瓣下移封闭小切口药条引流术治疗高位复杂性肛瘘；挂线主管闭合多切口引流术治疗高位肛周脓肿；分段切断内括约肌加纵切横缝术治疗环状混合痔；皮瓣覆盖缝合扩肛术治疗陈旧性肛裂。达到了减少或避免因手术引起的并发症和后遗症，肛门功能保护好的目前最佳水平。治疗上万例肛肠科难治性疾病。较好地解决了国际公认的三大难治性肛肠疾病。并针对PPH及各类手术造成的肛门直肠狭窄开展了肛门直肠矫形手术疗法，取得了良好的效果。
【专科药物及疗法】 以中医为主对便秘、慢性肠炎、肛周皮肤病等肛肠疾病进行综合疗法治疗。研制了一系列专科专病制剂，如扶正润肠丸治疗习惯性便秘；消痔汤治疗痔疮出血；黄连止痛膏治疗炎性外痔、血栓性外痔、肛窦炎、肛门坠胀等；湿疹止痒膏，消炎洗散治疗肛门瘙痒症等。术后运用中药特色熏洗治疗快速消肿止痛、减轻症状，软化瘢痕，促进创面愈合、防止术后感染，提高了疗效，受到了患者的赞许。另外，科室还开展中药保留灌肠、大肠水疗法、中药穴位贴敷、穴位埋线等治疗慢性结肠炎、溃疡性结肠炎、习惯性便秘等疾病，疗效显著。
【专业研究】 在科研方面，承担省级课题共25项，其中四川省科技厅课题《化痔液治疗痔疮的临床实验研究》分获1996年、1998年四川省科技厅进步三等奖，四川省中医药管理局课题“腰奇穴麻醉在肛肠科手术中应用的临床研究” 获得2010年四川省科技进步三等奖，获2015年中国中医药研究促进会科学技术进步奖三等奖1项，通过成果鉴定1项，已结题17项，现在研6项，现正在研制“痔康泰植入剂”治疗痔疮，填补了国内外中药植入剂研究的空白，获1项国家发明专利（专利号：ZL2010 1 0113970.4）,该技术目前居国内领先水平。撰写学术论文90余篇。该科学术带头人作为主编编写专著两册，作为编委参加编写专著9册。
