病理科创建于1974年8月，设有病理取材室、病理标本室、病理技术室、免疫组化室、病理档案室、病理诊断室、病理示教室，拥有MICROM石蜡切片机、LEICA石蜡切片机、LEICA冷冻切片机、MICROM全自动脱水机、OLYMPUS显微镜、病理图文报告系统等仪器二十余台件。共有副主任医师2人，副主任技师1人，主管技师1人。病理科主任为中华口腔医学会口腔病理学专业委员会委员、南京市中青年学科带头人。
病理学诊断是诊断的金标准，病理科是医院必不可少的诊断技术部门，承担着活体组织检查工作，通过形态学观察，并结合组织化学、免疫组织化学和各种形态定量研究等手段，对口腔疾病做出正确的诊断，从而指导临床治疗和评价预后。现已开展常规活检、冷冻快速、特殊染色、免疫组化染色、疑难病理会诊、病理图文报告等检查项目，病理资料管理进入医院PACS信息系统。年完成常规活检近2000例，冰冻快速近600余例，免疫组化近500余例，会诊100余例。技术工作程序化、制度化，病理切片甲片率>95%;病理报告及时、准确、规范，术中快速病理诊断报告准确率>98%，石蜡切片诊断正确率>99%;对口腔颌面部各种疑难疾病及特定专科疾病如口腔黏膜病、口腔颌面部囊肿、牙源性肿瘤、涎腺肿瘤、口腔颌面部其他组织来源的肿瘤和瘤样病变的病理诊断达到国内先进水平。
建科以来共发表论文45篇，参与发表论文70篇，其中SCI论文5篇。主持江苏省自然科学基金项目1项和南京市医学科技发展基金项目2项，参加国家自然科学基金资助项目1项，与临床科室和其他单位协作完成科研项目30余项。历年科研成果获江苏省科学技术进步奖二等奖1项、南京市科学技术进步奖三等奖4项、南京市医学新技术引进一等奖1项。承担南京大学医学院口腔医学专业七年制和三年制硕士研究生口腔组织病理学和口腔组织病理学新进展教学及实习带教任务。
病理科坚持以质量为核心，以病人为中心，规范工作流程，加强团队精神，注重梯队建设，不断追求新知，从而提高科室竞争力。
