肛肠科自中医院痔科筹建发展而来，已有五十余年历史。1996年成为院重点专科，1998年成为市重点专科建设单位，2002年成为市中医重点专科，多年来，在常武及周边地区有较好的群众基础及医疗信誉，是常州地区治疗肛肠疾病的特色专科，在省内同行中也有相当的知名度。科室现拥有床位38张。
门诊以中医特色为主，除诊治肛肠科常见病、多发病以外，每周开设专家及专病门诊，还开展各类门诊小手术，病区以手术为主，专科设备齐全，坚持中医治疗特色，治疗病种达20种以上。对高位复杂性肛瘘、环状混合痔、肛门高位脓肿、炎症性肠病、顽固性便秘等专科疑难病症以及各种原发性、继发性痔术后大出血病人等都取得较为满意的效果。现有主任中医师一名，副主任医师四名，主治医师二名。近年来通过对肛肠动力学、影像学等方面的进一步深入研究，借助现代科技的飞速发展，对顽固性便秘、炎症性肠病的研究也在不断深入，PPH手术也已成功开展多年。
在溃疡性结肠炎的治疗方面上，学科带头人周玉祥依据“腑病以通为用，腑疾以通为补”的中医学理论，创立了“宣通气血，寒热并用”治疗炎症性肠病的学术思想，并在此学术思想的指导下以控制溃疡性结肠炎的炎症性病变为切入点，通过以往治疗经验，根据分型拟定了一整套行之有效的溃疡性结肠炎综合治疗方案，为溃疡性结肠炎的治疗提供了新的思路。
在便秘的治疗方面上，坚持以中医药理论为指导，运用中医脏腑、经络、气血辨证理论，并结合现代科学检查技术，深入探讨便秘发病机制，揭示便秘发病的根本原因在于动力缺乏，气机不畅。创立“以补为通，以补治秘”的治秘之法，并在此学术思想的指导下研制了院制剂“胆黄润肠丸”，通过口服中药为广大便秘患者解除了痛苦。特别是对于老年习惯性便秘的患者效果尤为显著。
