昆明医科大学第二附属医院中医科始建于1956年，是集中医医疗、教学和科研为一体的科室。现有医师16人，护师2人；医师队伍包括主任医师、教授职称6人，副主任医师、副教授6人，主治医师1人，住院医师1人，副主任护师2人。科室两名医师先后被评为“云南省优秀青年中医”。
中医科自1998年8月起，先后派过4位医生到德国交流合作，与德国医生共同进行针刺镇痛研究，至今与德国一直保持对外交流合作，承担昆明医科大学外国留学生的中医针灸带教工作，曾有德国、芬兰、奥地利、日本、柬埔寨、以色列和西班牙等多国医学生来中医科进行实践学习。
中医科已发表在省级以上学术期刊的专业学术论文100余篇，科研在研项目两项。每年都有2位医生参加全省或全国中医针灸学术交流会议。
科室有三个专科组，分别为中医内科组，针灸推拿组和中医肛肠专科组。中医内科主要治疗各种慢性疾病，如慢性支气管炎，高血压、糖尿病、慢性胃炎、肝炎、胆囊炎、慢性肾炎，再生障碍性贫血、各种疑难杂症、以及妇、儿科疾病。针灸专科主要治疗肢体疼痛、颈腰椎疾病、肩周炎、网球肘、血管神经性头痛、三叉神经痛、面瘫、风湿性关节炎、老年性骨性关节炎、肥胖症等病症；中医肛肠专科应用中西医结合疗法主要治疗痔疮、肛裂、肛周脓肿等各种肛肠疾病。
