福建省妇幼保健院妇科是医院支柱科室之一，集医疗、科研、教学为一体，在医疗技术领域内始终坚持创新，积极开展各项新技术、新项目致力为广大妇科病人提供质优价廉的诊疗服务，其良好的医德医风及高超的技术水平获得社会的广泛赞誉，同时还承担福建医科大学、福建卫生职业技术学院等院校的教学带教工作，接收基层进修医师培训。
妇科病区包含一区、二区、三区、四区及十三区，主要开展的诊疗项目有：生殖内分泌疾病、不孕症、子宫内膜异位症、女性生殖器官损伤性疾病、异位妊娠、子宫肌瘤、子宫内膜息肉、子宫肌腺病、子宫内膜癌、子宫肉瘤、宫颈癌、生殖道畸形、卵巢良性肿瘤、卵巢癌、卵巢巧克力囊肿、急慢性盆腔炎、阴道炎等妇科疾病的治疗，计划生育手术及其并发症的诊治等。
主要开展的手术项目有：盆底功能障碍引起的子宫脱垂、阴道前后壁膨出及女性压力性尿失禁的手术治疗，阴式子宫切除术，阴式子宫肌瘤剜除术，无张力尿道中断悬吊术及膀胱耻骨韧带悬吊术，复杂生殖道瘘修补术，先天性无阴道的阴道成型术等。同时开展妇科传统剖腹手术，外阴、阴道整形手术，妊娠保胎治疗等。
近年来还新开展了各类阴式系列手术，如阴式全子宫切除、阴式次全子宫切除、阴式扩大全子宫切除、腹腔镜辅助下阴式全子宫切除、阴式子宫肌瘤剜除术等。 妇科设有宫腔镜、腹腔镜、妇科内分泌、妇科肿瘤等专科，以妇科宫腔镜、腹腔镜手术为特色。宫腹腔镜手术最突出的优点是创伤小、痛苦少、恢复快、住院短，术后不需缝合，愈合快，也可用于原发、继发不孕症、盆腔炎症、子宫异常出血、月经紊乱、习惯性流
产、人工受孕及试管婴儿术前评估等妇科疾病的诊治。大力开展宫腔镜检查、宫腔镜下子宫内膜息肉摘除、宫腔镜下双输卵管通液术、子宫内膜下肌瘤宫腔镜电切术等。开展腹腔镜下输卵管结扎、输卵管复通术，腹腔镜下子宫悬吊术，女性不孕症腹腔镜手术等等。
对排卵障碍、功血、闭经、多囊卵巢综合症、高泌乳素血症等生殖内分泌疾病、以及妇科疑难杂重症的抢救拥有丰富经验。掌握有宫颈癌放化疗、髂内动脉灌注、阴道延长、阴道后壁“桥”式缝合等技术，现积极筹备引入介入诊疗技术。
