北京大学第三医院泌尿外科成立于1958年，建院之初就已成为该院的独立学科。经过几代人的不懈努力，已发展成为集临床、科研、教学于一体，国际知名、国内领先的泌尿外科中心。2017年该科门诊量已经突破21万人次，泌尿外科年住院手术量3816台，门诊手术量近1600台。该科是卫计委国家临床重点专科，教育部国家级重点学科，还是院级重点学科。
该院泌尿外科现有三个病区，床位117张（包括泌外105张、男科12张），教授、主任医师9人，其中博士生导师4人，副教授、副主任医师9人，主治医师7人。下设13个组：五个肿瘤组，三个结石组，三个肾移植组，一个男科组，一个尿控组；学科覆盖面广，综合实力雄厚。
现任科主任马潞林教授为北京大学二级教授、博士生导师、中华医学会泌尿外科学分会常委、北京医学会泌尿外科专业委员会副主任委员、中华医学会泌尿外科学分会肾移植组组长，中国肾癌伴下腔静脉癌栓诊疗协作组组长，《中国微创杂志》副主编，是国内一流的泌尿外科腹腔镜、巨大疑难肿瘤、腔静脉癌栓诊治及肾移植领域专家，技术精湛，具有丰富的临床和教学经验。
科副主任姜辉教授为男科学学术带头人，现为北京大学二级教授、博士生导师，现任中华医学会男科分会主任委员，中国性学会常务副理事长兼秘书长，北京医学会男科学分会前任主任委员。科副主任黄毅是前列腺癌诊断和治疗专家，尤其在前列腺癌粒子植入方面具有丰富的临床经验。洪锴主任医师是北京医学会男科分会副主任委员，中华医学会男科学分会手术学组副组长，中华医学会男科学分会中国显微外科培训中心常务副主任、中华医学会泌尿外科分会基础学组委员。以下人员在中华医学会泌尿外科分会各学组中任职：肖春雷主任医师为结石学组委员。张树栋主任医师为中华医学会泌尿外科分会国际交流委员会委员、中国泌尿外科医学创新联盟副秘书长、《中华泌尿外科杂志》通讯编委。田晓军副主任医师为女性泌尿外科组委员，赵磊副主任医师为肾移植学组委员兼秘书，赵连明副主任医师为男科学组委员。王国良副主任医师为北京中西医结合学会泌尿外科学分会委员。
建院之初，该科就率先开展难度较大的手术治疗，尤其在根治性切除泌尿系肿瘤、男性不育症诊断治疗方面成绩卓著：可成功完成膀胱全切回(结)肠代膀胱术、巨大肾癌根治术，巨大的腹膜后肿物切除等疑难手术。上世纪八十年代，该科率先开展了膀胱镜检查，体外冲击波碎石(EWSL)，经尿道膀胱肿瘤电切术(TUR-BT)和经尿道前列腺电切术(TUR-P)等。近年来，该院泌尿外科积极开展微创外科新技术。腹腔镜手术成为常规术式，后腹腔镜活体供肾切取、腹腔镜下前列腺癌根治术和膀胱全切术形成了临床特色。经皮肾镜碎石取石术、输尿管镜碎石取石术均成为常规手术，内腔镜诊疗水平居国内领先。现在，该科已经全面进入微创外科模式。95%以上的手术，都是通过微创手术完成的。其中，腹腔镜手术已经基本取代了绝大多数开放手术。
该科腹腔镜泌尿外科手术一直处于国内领先地位。目前，该科已成功完成腹腔镜活体供肾切取术200余例，达到国际领先水平。从2010年开始，该科开展了单孔与自然腔道腹腔镜手术，目前已经成功完成的单孔腹腔镜手术包括：膀胱癌根治术，前列腺癌根治术，盆腔淋巴结清扫术，肾根治性切除术，肾上腺肿瘤切除术，和肾囊肿去顶术，均获得了满意的效果，达到国际领先水平。其他腹腔镜手术包括：肾癌根治术、肾部分切除术、肾输尿管全长切除术、肾盂输尿管成形术、输尿管切开取石术、肾上腺肿瘤切除术、腹膜后肿瘤切除术、腹膜后淋巴结清扫术，乳糜管结扎术，精索静脉结扎术等已成为常规治疗手段。
随着诊断技术的提高，肾癌伴下腔静脉癌栓的检出率逐渐增加，更多的肾癌伴下腔静脉癌栓患者得到了及时诊断。随着手术技巧的改进，以及根治肿瘤的同时提高患者生活质量的理念的推崇，使腹腔镜下肾癌根治术加下腔静脉癌栓取出术逐渐成为肾癌伴下腔静脉癌栓治疗的发展方向。目前该科肾癌伴下腔静脉癌栓的手术技术已达到国际领先水平，逐渐成为国内处理疑难肾癌伴下腔静脉癌栓的中心。
该科器官移植水平一直处于国内领先地位，也是该科突出的临床特色之一。在著名泌尿外科和器官移植专家马潞林教授的领导下，肾移植术前配型、手术技术及术后管理水平不断提高，达到国际先进水平。2001年以来，成功开展了同期胰肾联合移植手术，共完成近30例，治疗效果好。多年来，科室中已经培养出了一大批从事器官移植的专业人才，可以熟练地独立完成肾移植手术。该科成功举办多次国家级器官移植学习班、亲属肾移植学习班，培养了多名临床器官移植工作者。2006年该院顺利通过了卫生部组织的肾移植技术准入评审检查，成为全国首批获得肾移植资格的医院之一。
男科学专业组也是该科特色。在学科带头人姜辉教授的带领下，逐渐发展壮大男科诊疗中心，专业组医师梯队结构合理，力量雄厚。诊疗范围包括男性不育，男性性功能障碍，性传播疾病，前列腺疾病及其它男性生殖系疾病等。在医、教、研等各项工作均得到了长足的发展，不仅设有男性健康门诊及男科专家门诊，并建有男科检查室，男科实验室，男科手术室等，在国内居于领先水平。在以上各个方面，该科拥有丰富的临床经验，先进的实验室设备，能开展多项男性生育能力检测的实验，同时建立了精子库，在全国学术界有重要影响。在科研方面，研究课题涵盖勃起功能障碍、早泄、睾丸的生精障碍及精子的顶体反应，并且在支原体感染及一氧化氮对男性生殖的影响、农药对男性生殖机能的损害、前列腺的组织化学及细胞化学、精子处理技术等方面，进行了大量的科研工作，取得丰硕成果。男科多项诊治技术在国内居于领先水平，如输精管附睾管吻合技术等梗阻性无精子症相关手术等，已经开展了多期中国男科显微外科培训班，培养了多名中国男科后备力量；在男性不育、男性性功能障碍、性传播疾病、前列腺疾病及其它男性生殖系疾病等方面，拥有丰富的临床经验，在全国学术界有重要影响。
该院泌尿外科为国家卫计委批准的内镜诊疗技术培训基地，是北京市最早被批准的两家基地之一。在技术培训方面也取得了很大成果，2004年～2018年3月，该科成功举办了14届（国家级）微创泌尿外科学习班，成功举办了多届腹腔镜亲属供肾移植学习班和钬激光经皮肾镜学习班、输尿管软镜学习班、3D腹腔镜手术学习班，还举行了100余届泌尿外科肿瘤诊疗科主任研讨班，总计培训学员4500人以上，学术影响遍及全国各地。
该科非常注重学术学习，重视人才梯队建设。每周二上午7点及周五9点全科进行疑难病例讨论并阅片查房，每周三上午7点30分护士读书报告，周四晚上全科英文读书报告。此外，在科主任马潞林教授的带领下，每周一早7点开始该科研究生教学查房。科室人员的学术水平不断提高，发表学术论文170余篇，在国外杂志上发表SCI收录的论著20余篇，有关内腔镜泌尿外科的文章120余篇。出版多部专著，主编《泌尿外科腹腔镜手术学图谱》（2007年，人民卫生出版社）、《泌尿外科微创手术学（第二版）》（2013年，人民卫生出版社），主译《泌尿外科腹腔镜手术图谱》（2004年，北京大学医学出版社）、《辛曼泌尿外科手术学》（2013年，人民卫生出版社）、《泌尿外科腹腔镜手术学：疑难问题》（2016年，人民卫生出版社）等泌尿外科专著多部。并且参与编写《泌尿外科内镜诊断治疗学》、《泌尿外科手术并发症的预防与处理》等多部泌尿外科论著。科室主要科研项目包括：国家自然科学基金2项，北京市自然基金1项，国家科技部“十一五”科技支撑计划项目基金1项，北大985工程项目科研基金2项，国家973循证医学基金1项，国家211项目基金1项，卫生部临床重点资助项目3项，北京大学第三医院资助项目3项，北京大学第三医院科研基金3项，总金额近1000万。
今天，该科已经跻身于国内一流临床科室行列，下属普通泌尿外科学、微创泌尿外科学、器官移植学、男性生殖医学、泌尿生殖系肿瘤、泌尿系结石等多个专业组，学科覆盖面广，综合实力强。相信在不远的未来，在科室同仁的不懈努力下，该科一定能够继续蓬勃向上，成为具有国际先进水平的泌尿外科临床科室。
