消化科是我院第一批国家临床重点专科。目前已发展为集门诊、病房、胃肠造影室、胃肠动力室、病理实验室、内镜室为一体的消化疾病研究中心，多年来专科排名位于全国前十位，北京市DRG排名前三位。
消化科现有职工96人，其中医师38人，高级职称24人，建立了上消化道组、大肠组、胆胰疾病组、胃肠动力组、小肠组、肝病组、胃肠造影组和病理实验组。先后培养博土后7人，博士150人以及硕士79人。自1986年以来，先后承担国家七五、八五、十一五、十二五及十
三五临床科研攻关项目，并于2015年申报成功幽门螺杆菌感染和上胃肠疾病诊治研究北京市重点实验室，研究成果多次获得省部级科技进步奖
消化科的医疗技术开创了多项国内第一:1974年，郑芝田教授将纤维内镜引进国内，并率先独立开展ERCP检查；1980年，林三仁教授将气钡双重对比造影技术引进国内，开创了我国此项技术的先河，至今小肠造影技术仍在全国首屈一指；1985年，在国内率先开展超声内镜检查；1991年，林三仁教授和周丽雅教授在国内率先开展早期胃癌内镜下黏膜切除术(EMR)。近十年来，消化科在胃食管反流病相关研究及诊治以及幽门螺杆菌及相关疾病的研究达到世界先进水平，早期胃癌的诊治及复杂术后等高难度ERCP治疗技术达国药剂科重视三
内先进水平。目前，消化科已拥有40余项诊疗新技术，专利12项。
