北京大学第三医院呼吸与危重症医学科（呼吸科）是集医疗、科研、教学为一体的具有国内先进水平的学科。2010年、2011年被评为“北京市三八红旗集体”和“全国五一巾帼标兵岗”，2012年入选国家临床重点专科建设项目，2018年被评定为“国家呼吸与危重症学科规范化建设三级医院优秀单位”。
呼吸科的建立始于20世纪70年代的气管炎门诊，1977年成立了呼吸专业组，20世纪80年代成立呼吸科，1980年建立了气管镜室，先后开展了纤维支气管镜检查，支气管镜肺泡灌洗检查，并建立了呼吸实验室。1983年建立肺功能室，是国内较早开展规范肺功能检查的科室。1988年在北京地区率先开展了内科胸腔镜检查。2001年建立睡眠呼吸监测室。呼吸科在1978年应用鸟牌呼吸机对慢性阻塞性肺疾病（COPD）所致呼吸衰竭进行救治。1995年成立了呼吸重症监护病房（RICU），配备了先进的呼吸机和监护仪，以后RICU规模逐渐扩大，2015年后成为有26张床位的内科/呼吸重症监护病房（MICU/RICU），在医院内科危重症救治方面发挥着重要的作用，危重症救治能力达到国内先进水平。
呼吸科现有医生29人，其中正高级职称10人，副高级职称10人。呼吸治疗师2人，技师6人，护士95人。博士生导师5人，硕士生导师10人。多位专家分别在国内各级学术团体兼任副主任委员、秘书长、常委、委员及学组委员等。参与了国内多项呼吸系统疾病诊治指南和共识的制定。
呼吸科现设置包括：普通病房（60张床位）、MICU/RICU（26张床位）、门诊、肺功能室、支气管镜室、睡眠呼吸监测室、雾化治疗室、药物临床试验呼吸专业和实验室。近十年先后开展了超声支气管镜（EBUS）、荧光支气管镜、全肺灌洗术、全麻支气管镜检查和支气管镜介入治疗、跨肺压监测、体外膜肺氧合（ECMO）、重症超声、 床旁血液净化、脉搏指数连续心输出量监测（Picco）、运动肺功能、呼出气一氧化氮浓度测定等先进诊疗技术，诊疗手段日益完善。
门诊量10万例次/年，并开设了慢阻肺门诊、哮喘门诊、戒烟门诊、肺癌门诊、睡眠呼吸障碍门诊、胸部疑难疾病会诊门诊等特色门诊。普通病房出院患者1500例/年，MICU/RICU收治危重症患者400例/年。收治呼吸系统常见病及涉及多学科的疑难危重症。诊治病例多次获得医院 “疑难危重病例诊治优秀奖”并在国内外会议及杂志上交流。医疗服务能力获得同行和患者认可，在北京大学医学部中国最佳专科排名第8位、北京市二级以上医院DRGs评价专科排名前三位。2017年成为国家呼吸疾病临床医学研究中心分中心。多次参与呼吸道疾病疫情防控，国家重大事件医疗保障和支援基层医疗工作，尤其在抗击SARS、甲型流感工作中，多名专家入选全国和北京市专家组，参与了卫计委方针政策、诊疗方案的制定和患者会诊工作。
呼吸科是博士学位授予点、临床医学博士后流动站，累计毕业博士43人，硕士41人，在读博士生13人，在读硕士生6人，培养来自全国各地的进修医10-15人/年。承担“肺部阴影鉴别诊断”等多项国家和北京市继续教育项目。2017年成为国家首批呼吸与危重症医学（PCCM）专科医师培训基地，已开始面向全国招生。呼吸科现为北京大学医疗技术一级学科博士学位授权点,北京大学医学部呼吸病学学系主任单位。
呼吸科长期以来坚持临床与科研并重，针对慢性气道炎症性疾病，包括慢性阻塞性肺疾病和支气管哮喘，在流行病学、发病机制等方面研究一直处于国内领先水平。针对下呼吸道感染的临床特点、病原学、细菌耐药、抗菌药物的群体药代动力学/临床药效学进行了一系列深入研究。作为负责单位之一，承担了国家“十五”和“十一五”科技攻关项目，承担了国家自然科学基金、首都医学发展科研基金、北京大学985工程项目、美国NIH、北京大学医学部-密西根大学医学院联合研究所等科研基金。
1998年成立的药物临床试验呼吸专业是我院最早成立的临床药物试验专业之一。承担了国内国际药物临床试验100余项，是国内外认可的优秀临床药物试验呼吸专业之一。
