针灸科是院内建设发展的重点专科，是北京针灸培训中心和北京中医药大学的教学实习基地。针灸科有着悠久的建科历史，从过去的关厢医院至今，造就了许多北京地区有影响的名医，如王庆林 、李守君等，随着医院和科室的不断发展壮大，除门诊外，现针灸科开设住院病床30张，形成了一个以收治中风偏瘫病人为主，集针灸、康复、理疗及中西医结合内科治疗的特色病区，并具有一定抢救应急能力的中医卒中单元。突出针灸、康复及中药治疗特色，具有较完善的一套诊疗规范，同时对面瘫、蛇窜疮等疾病有较好的疗效。
现有中频治疗仪、脑病康复治疗仪、气压式血液循环驱动治疗仪、疼痛治疗仪、脉冲磁疗仪、红外光疗仪等治疗设备。同时拥有心电监护仪、心电除颤仪等较完善的急救设备。
针灸门诊能开展针刺、芒针、火针、耳针、拔罐、放血疗法等疗法，主要开展对面瘫、偏瘫、痹症、带状疱疹后遗神经痛、失眠证、焦虑抑郁证、过敏性鼻炎、耳鸣眩晕等病的治疗。
