医院最具特色的科室是窥镜外科该院窥镜外科起步较早，1982年广医一院医师吴开俊教授受中央教育部委托以访问学者身份到美国匹兹堡大学医学院进修泌尿外科，并致力于窥镜外科的研究。从而有机会接触这项新技术。吴开俊回国后大力推行此项新的治疗技术，并进行了一系列的研究与开发。1984年10月受卫生部委托，在吴开俊院长主持下举办了第一次全国腔内泌尿外科学习班，来自全国各大医院的专科医生一百多人参加了学习班。从1984年起该院泌尿外科行输尿管镜术6000多例，经皮肾镜术1000多例，其手术例数治疗复杂疑难症的成功率之高合并症之少均处于国内领先地位 。
目前窥镜技术在该院已广泛应用于泌尿外科、普通外科、胸外科、妇产科等专业。应用腔内输尿管镜摘取尿路结石、经皮肾镜穿刺摘取肾结石、经皮肾微造瘘取石术、腹腔镜胆囊手术、胸腔镜肺部手术、窥镜手术、治疗前列腺增生、胃穿孔、阑尾、疝气等的临床应用与研究方面处于国内领先水平。2001年初，该院又率先在全国建成了楼高16层，建筑面积达2万多平方米的“微创外科中心”，全面收治病人。胸外科开展的“电视胸腔镜手术的临床应用研究”享誉省内外，获广东省科技进步二等奖。1999年3月该科在国内施行了第一例同种异体气管移植术获得成功，填补了国内该项目的空白。
