甲状腺功能不全可由甲状腺本身、垂体，偶或下丘脑的异常所致。与甲状腺有关者为某些药物(放射性碘、抗甲状腺剂，锂、对氨基水杨酸)，颈部放射治疗，甲状腺切除术，桥本甲状腺炎。

有许多种甲状腺激素制剂提供替代治疗，包括T4 (左旋甲状腺素，3碘甲腺原氨酸(Liothyronine，碘塞罗宁)，两种激素的混合制剂和动物甲状腺干粉。人工合成T4 (左旋甲状腺素)更好，平均维持剂量75~125μg/d口服，但开始剂量必须要低，特别是老年伴有心脏病病人和长期严重甲状腺功能减退病人(除非是粘液性水肿昏迷)。吸收相当稳定，约为剂量的70%。T3 产生自外周组织，一般老年人维持剂量可以减少，孕妇增多。如同时服用减少T4 吸收或增加胆汁中排泄中的药物，则剂量同样需增加。最适当剂量应是恢复TSH至正常的最小剂量(虽然这一标准不适用于继发性甲状腺功能减退)。

T3 (碘塞罗宁)不宜用于长期单独替代治疗，因为半寿期短，需每日2次服用。给予标准T3替代剂量(25~50μg/d)，2~4小时内致使迅速增加血清T3浓度达300~1000ng/dl(4.62~15.4nmol/L)，因为其吸收近乎完全，经24小时恢复正常。所以在估计接受这种方案病人的T3水平时，医生要知道激素服用时间。此外，T3 治疗的病人，至少1天中有数小时呈化学性甲亢状态，因此病人可能处于较大心脏危险。

类似血清T3水平见于服用T3和T4混合制剂口服，虽然因为T3剂量较少，T3峰值略低。用合成T4替代治疗，反应出不同类型的血清T3。服用足够量T4，血清T3逐渐增加，维持正常水平。动物甲状腺干粉制剂含有不恒定量T3和T4，不应该使用，除非病人数年应用过程中情况良好。

粘液性水肿昏迷，开始需用大剂量T4(200~500μg静脉给予)或T3(40μg/d静脉给予)。维持量T450~100μg/d静脉给予或T310~20μg/d静脉给予，直至可以口服T4。由于中枢性甲减一开始不能排除，所以同样需给予皮质类固醇。不应将病人体温迅速恢复正常，以致威胁心律紊乱。低氧血症常见，应在治疗一开始就测定PaO2。如肺泡换气受损，需立即行呼吸机呼吸。促发疾病要立即治疗，液体要谨慎补充，因为甲减病人排泄水分不畅。最后,因为甲减病人代谢较正常人慢，所以服用药物需谨慎。

用手指按压局部(如内踝、胫前区或额、颧部位)皮肤，如果不出现凹陷，称为非凹陷性水肿。

原发性甲减症状和体征与甲亢形成显著对，起病可以隐蔽和难以捉摸。面部表情迟钝，声哑，讲话慢;由于玻璃样酸和硫酸软骨素的粘多糖浸润使面部和眶周肿胀怕冷显著。由于缺乏肾上腺能冲动，眼睑下垂，毛发稀疏，粗糙和干燥，皮肤干燥，粗糙,鳞状剥落和增厚。体重中度增加，主要是由于食物代谢降低和水分潴留。病人健忘和显示智能损害伴渐进性人格改变。某些表现为忧郁，可能有明显的精神病(粘液性水肿狂躁)。