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除骨和牙齿外，在机体的其他组织发生钙盐沉着的现象，称病理性钙化。沉着的钙盐主要是磷酸钙，其次是碳酸钙。
病理性钙化的病因如下：
1.肿瘤性：
①颅咽管瘤;②胶质瘤;③脑膜瘤;④室管膜瘤;⑤脉络丛乳头状瘤;⑥脊索瘤;⑦皮样囊肿;⑧表皮样囊肿;⑨畸胎瘤;⑩错构瘤;⑨脂肪瘤;⑩垂体腺瘤(少见);⑩转移瘤(少见)。
2.血管性：
①动脉粥样斑;②动脉瘤;③血管瘤;④硬膜下血肿;⑤颅内血肿;⑥脑梗死。
3.感染性：
①结核病;②先天性颅内感染;③囊虫病;④棘球(蚴)囊肿;⑤旋毛虫病;⑥隐球菌病;⑦球孢子菌病。
4.先天性及遗传性：
①结节性硬化症;②Stureg-Weber综合征;③神经纤维瘤病;④无脑回畸形;⑤Fahr病;⑥Cockayne综合征;⑦Gor1in-Goltz综合征。
5.代谢性及其他原因：
①甲状旁腺功能减退症;②假性甲状旁腺功能减退症;③X射线辐射;④氨甲蝶呤;⑤血液透析;⑥甲状旁腺功能亢进;⑦维生素D中毒;⑧一氧化碳中毒;⑨铅中毒;⑩系统性红斑狼疮。
营养正常、饮食正常。治疗性干预，以最大限度地清除钙化碎片粒子。加强锻炼，增强身体素质，提高免疫力。经常参加体育锻炼，如保健体操、练气功、太极拳、做广播体操、散步等，大有好处。凡坚持体育锻炼的人，身体就强壮，抗病能力强，很少患病。
颅内钙化可由CT扫描、MRI成像及头颅平片发现，在新生儿也可由颅内超声来显示。其中，CT是发现颅内钙化最敏感的方法，显示颅内钙化的效果最好，在CT上表现为高密度(如同骨质密度)。
MRI在显示钙化方面不如CT敏感。钙化在MRI上的信号随着病灶局部成分的不同而各异：如钙化成分大于30%，由于主要是低的质子信号效应，钙化则倾向于低信号;钙化成分不足30%时，由于T1的缩短，钙化灶在T1相上也可能表现为高信号。由于通常钙化灶在MRI表现为低信号或无信号，其中信号减低在T1和T2加权相及在梯度回波序列上显示的较明显，而信号丢失在梯度回波序列上显示得更明显。