病因尚不明确，找不到任何解剖学的原因。情绪因素、饮食、药物或激素均可促发或加重这种高张力的胃肠道运动。有些患者有焦虑症;尤其是恐惧症，成年抑郁症和躯体症状化障碍。然而，应激和情绪困扰并不总是伴有症状的发作和反复。有些IBS患者表现有一种有获得性的异常病理行为，比如，他们倾向于将精神上的困扰表达为消化道的主诉，通常是腹痛，内科医生在评估IBS，尤其是有顽固性症状的患者时，应了解其有否无法解决的心理问题，包括性虐待和躯体恶习。

肠激惹综合征除了需辨证遣方用药恰当外，还应注意调护。饮食上宜少食多餐，腹胀者避免食用豆类食品；腹泻时进食少渣、少纤维且容易消化、低脂、高蛋白食物；便秘时应增加纤维含量高的食物。避免过食生冷油腻、冷寒、辛辣的食物。精神因素与本病关系密切，应避免过度紧张、恐惧、愤怒或抑郁等不良刺激，注意劳逸结合，保证睡眠质量，加强体育活动与身体锻炼，增强体质。

诊断标准：1986年我国制定的IBS临床诊断参考标准为：

1、以腹痛、腹胀、腹泻或便秘为主诉，伴有全身性神经症状(症状持续或反复超过3个月)。

2、一般情况良好，无消瘦及发热，系统体检仅发现。

3、多次粪常规及培养(至少3次)均阴性，粪隐血试验阴性。

4、X线钡剂灌肠检查无阳性发现，或结肠有激惹征象。

5、结肠镜示部分患者运动亢进，无明显黏膜异常，组织学检查基本正常。

6、血、尿常规正常，血沉正常。

7、无痢疾、血吸虫等寄生虫病史，试验性治疗无效(注：指甲硝唑试验治疗和停用乳制品) 符合上述标准者，一般可作出临床诊断。但要注意与一些表现隐匿或症状不典型的其它疾病鉴别，对诊断有怀疑者可选择有关的进一步检查。