先天方面，主要是两眼虹膜颜色不同的情况，有可能於遗传有关。由于眼睛虹膜的颜色受遗传影响，假若后代的父母其中一位有蓝眼睛，而另一位则有灰色眼睛的话，那两位的后代有可能有一对蓝色的眼睛、或一对灰色的眼睛，但亦有可能一边眼的虹膜是蓝色，而另一边却是灰色的。这可能与瓦登伯革氏症候群(Waardenburg Syndrome)或Piebald Syndrome相关。

后天的情况有可能是因为患上Horner Syndrome或虹膜毛样体炎，使虹膜造成损伤而萎缩。

也有可能是虹膜色素缺失引起，或与基因有关。

虹膜异色的原因是很多的，比如虹膜炎、肿瘤或者遗传因素等都是可以导致发病的情况的。

对于炎症的情况积极的做好消炎治疗，对于肿瘤的情况是及早做好手术治疗的。做好对病因的有效治疗后是会得到改善或治疗好的情况的。

对于遗传的情况是没有很好的治疗方法的，主要是预防加重的情况的。

 

两眼虹膜异色在人类是很罕见的。通常这是眼科疾病的指标，如慢性虹膜炎或弥漫性虹膜黑色素瘤，但也有可能是正常变体。虹膜异色在一些特定的狗、猫品种身上比较常见，如西伯利亚雪撬犬、澳大利亚牧羊犬、边境牧羊犬、白波斯猫等，主要由于品种杂交所造成。