三焦有两大主要功用：

一、通调水道。《灵枢经》上说：“三焦病者，腹气满，小腹尤坚，不得小便，窘急，溢则水，留即为胀。”

二、运化水谷。正如明代医家吴勉学在《医学发明》中所说：“水谷往来，皆待此以通达。”“焦”通“”，乃引火之物，以火才可腐熟食物，古人遣词命名皆有深意。

三焦之功能如此强大，理应在治疗上屡建奇功，但实际远非如此，因为大多数医者对三焦概念、功用模糊不清，很少有人去探究它的真正奥妙，只是停留在对传统注释的一知半解上。机理不明，自然也就无法应用，以致有人根本想不起用三焦经来治疗脏腑病这条思路。

无名指半月甲呈粉红色，即生理机能失去平衡感，三焦经异常表示体源失调，会因过寒或过热而马上引起血液循环不良，是体能崩溃的徵兆。如夏天处於冷气房中所承受的寒气比常人多一倍，内脏机能因而迟缓，长久下来就会变成发冷症或生理不顺疾病;又如搭电梯或飞机时，会有喘不过气来的人，表示适应气压变化的能力弱，也就是三焦经衰弱的证据。