真正病因不详，有两种学说。　　

1、先天性　　

由于髓管残留或骶尾缝发育畸形导致皮肤的包涵物。但与婴儿的中线位肛后浅凹部位很少找到藏毛疾病的前驱病变，而在成年人确多见。　

2、后天性　　

认为窦和囊肿是由于损伤、手术、异物刺激和慢性感染引起的肉芽肿疾病。近来证实由外倍进入的毛发是主要病因。臀间裂有负吸引作用，可使脱落的毛发向皮下穿透。裂内毛发过多过长，毛顶部有滤过和浸软毛肤作用，毛发穿入皮肤，形成短道，以后加深成窦，毛根脱落到窦内也可使毛干穿透，在发病过程中可见运动改变，但只有一半病例可发现毛发，此病多见于多毛平、皮脂过度活动、臀间裂过深和臀部常受伤的病人。汽车司机骶尾部皮肤常受长期颠波、损伤，可使皮脂腺组织和碎屑存积于囊内，引起炎症。

美国陆军发生这种病较多，称为吉普病。常见的病菌有厌氧菌、葡萄球菌、链球菌和大肠杆菌。Rainsbury及Southan分析了静止的藏毛疾病，单个细菌不到半数，而厌氧菌占58%。奇怪的是葡萄球菌不常见，多数需氧菌为革兰阴性细菌。

本病病因尚不明确，可能和环境因素、遗传因素、饮食因素以及孕期的情绪、营养等具有一定的相关性，且认为和染色体也有关系，故无法针对病因直接预防本病。早期发现、早期诊断、早期治疗对间接预防本病具有重要意义，同时也可以减少感染并发症的发生，对于已经出现感染的患者，应尽早使用抗生素治疗。

藏毛窦和藏毛囊肿的主要诊断标志是骶尾部急性脓肿或有分泌的慢性窦道，局部有急性炎症表现，检查时在中线位见到藏毛腔，藏毛窦由症状和体征容易诊断。　　

藏毛囊肿如无继发感染常无症状，只是骶尾部突起，有的感觉骶尾部疼痛和肿胀。通常主要和首发症状是在骶尾部发生急性脓肿，局部有红、肿、热、痛等急性炎症特点。多自动突破流出脓汁或经外科手术引流后炎症消退，少数引流口可以完全闭合，但多数表现为反复发作或经常流水而形成窦道或瘘管。　　

藏毛窦静止期在骶尾部中线皮肤处可见不规则小孔，直径约1mm～1cm。周围皮肤红肿变硬，常有瘢痕，有的可见毛发。探针探查可探入3～4mm，有的可探入10cm，挤压时可排出稀淡臭液体。急性发作期有急性炎症表现，有触痛和红肿，排出较多脓性分泌物，有时发生脓肿和蜂窝组织炎。