漳州市中医院内科作为医院基础科室，医疗科研、教学技术力量雄厚，集临床、教学、科研为一体，是中西医结合治疗脑血管疾病、消化系统疾病、内分泌疾病的科室， 建立专病专科，设立了“神经内科”、“消化内科”、“肾、内分泌科”三大诊疗组合系统，其中糖尿病专病是省中医糖尿病治疗重点专病创建单位。目前病床数62张，全科医护人员共27人，高级职称3人，中级职称11人，以中医中药为基础，紧密联系现代医学知识，扬长避短，走中西医结合道路，博得了病人信赖，赢得了社会肯定。神经内科在本省率先开展准介入治疗脑血管疾病，该方法采用多种配方，从颈动脉给药（与传统静脉注射等方法比较，药物在脑内浓度高出230％）治疗脑梗死、脑出血恢复期，突发性耳聋等均取得显著疗效，该方法于2004年被列为省级科研项目。内分泌专科，采用中西医结合治疗糖尿病、甲状腺疾病等疾病，应用胰岛素泵，使胰岛素更加均衡供给，更加符合生理分泌规律，更好地控制血糖，配合中药益气养阴、活血化瘀通络等方法，口服及外用治疗糖尿病及其并发症，具有显著疗效；肾病专科，采用中西医结合治疗肾病，如泌尿系结石、急慢性肾炎、急慢性肾功能衰竭等，取得显著疗效；尤其肾衰、多种农药及毒物中毒患者，辅助以血液透析治疗，运用血液灌流方法，显著提高了患者的生存率和远期疗效。消化内科不仅对于消化系统的各种急症，如急性上消化道出血、肝性昏迷、急性腹痛等，具有丰富的抢救治疗经验，对于乙型病毒性肝炎、慢性结肠炎、消化性溃疡、慢性胃炎等疾病，辨证论治应用中药汤剂并配合中药保留灌肠等方法治疗，疗效确切；积极开展胃镜、肠镜检查，显著提高了胃肠道疾病诊断的准确率，并可开展部分镜下治疗，如上消化道异物钳取等，并开展碳－14呼气试验，对消化性溃疡的诊断治疗提供可靠依据。此外本科研制的协定中风方、协定乙肝方、糖肾灵协定方等，用于治疗脑卒中、乙肝、糖尿病及糖尿病肾病等疾病取得明显成效。近年来开展了“糖肾冲剂治疗糖尿病肾病临床观察”、“降糖1号配合西药治疗糖尿病肌萎缩临床观察”、“人参调脾散治疗肠易激综合症临床观察” 等科研课题，极大地推进了医疗技术水平的提高。
