中山六院儿科包括普通儿科及新生儿科，现设病床50张,其中普通儿科24张(重症监护病床2张),新生儿病床26张。科室人员梯队合理，具有医护人员35人,具有教授（主任医师）2人，副教授（副主任医师）3人，主治医师2人，住院医师5人，具有博士学位2人,硕士学位6人,博士生导师及硕士生导师各1人。为集医疗、教学、科研及社区保健、康复为一体的综合性学科。拥有常规及高频呼吸机、新生儿转运系统、多功能监护仪，输液泵，经皮测胆红素仪，超声、离子雾化机，蓝光治疗机等先进设备。
专业涵盖新生儿、小儿呼吸、小儿消化、小儿遗传代谢疾病、小儿神经、小儿肾病、小儿血液和儿童保健等。医疗特色包括儿童呼吸道疾病诊治（小儿哮喘、肺炎、支气管炎），儿童消化道疾病（先天性消化道畸形、胃炎、肠炎、消化道出血、息肉），儿科遗传代谢病的诊治，新生儿疾病的诊治（新生儿黄疸、新生儿肺炎、新生缺氧缺血性脑病）、新生儿重症监护与治疗（新生儿窒息与复苏、严重感染、高危新生儿转运和治疗、早产儿、低出生体重儿、新生呼吸窘迫综合征、新生儿颅内出血、先天性畸形患儿围手术期监护和治疗）。其中新生儿疾病诊疗、遗传代谢病诊断达国内先进水平，能够应用气相色谱质谱诊断125种遗传代谢性疾病，并在基因检测、产前诊断等方面取得突破和进展。
科室下设普通儿科、新生科（包括新生儿重症监护室）、遗传代谢病实验室。新生儿疾病的诊疗是医院学科重点之一。由医院与全球最顶尖的遗传代谢病研究机构（日本松本生命科学研究院）缔结了共同组建遗传代谢病实验室的协议，成立了中山大学附属第六医院遗传代谢病实验室。实验室接受国际新生儿筛查协会组织的筛查质量控制检验，开展遗传代谢病的生化诊断、基因分析、产前诊断以及治疗指导。
