内分泌疾病中心是我院的重点发展学科之一，于2016年初按照国际医疗卫生机构标准组建，拥有国内一流的高素质人才，全方位的营养团队、高品质的科研骨干及全视角的教学梯队。是集医疗、营养、教学、科研及预防为一体的临床疾病中心。同时也是重庆医科大学硕士研究生学位授予学科。
内分泌疾病中心整合了成人、儿童及特殊人群（妊娠期、高龄等）常见内分泌疾病、代谢性疾病、营养评估与干预及体重管理等相关学科，为器官系统为中心的“中心制”管理模式奠定了基础。本中心具体诊疗范围包括：糖尿病及其各种急慢性并发症（含妊娠期糖尿病）、甲状腺疾病（含妊娠期甲状腺疾病）、甲状旁腺疾病、下丘脑-垂体疾病、肾上腺疾病、继发性高血压（含妊娠期高血压）、围绝经期综合征、多囊卵巢综合症（不孕不育）、骨质疏松症、高尿酸血症及痛风、电解质代谢失常（如低钾血症、高钙血症、低钙血症等）、儿童生长发育迟缓、性早熟等以及各种原因营养不良和营养不均衡等。
科室目前人才梯队建设已较完善，硕士以上学历占80%，其中高级职称2人，中级职称2人，初级职称6人；且不断有高水平人才加入到团队中。中心目前拥有：国际先进水平的人体成分分析仪InBody770、院内院外大数据血糖信息化管理系统、国际领先技术的双能X线骨密度仪、皮下持续输注胰岛素泵及实时动态血糖监测仪等。
