重庆三峡中心医院微生物免疫科是渝东北地区技术力量最强，规模最大，设备最先进的临床实验诊断科室。科内设有临床微生物实验室、临床优生遗传实验室、临床免疫实验室、HIV初筛实验室、临床基因扩增实验室。科室工作人员现有15人，包括高级职称4人，中级职称4人，初级职称7人。其中研究生2人、本科生5人。临床分子生物学实验室在2005年通过国家卫生部临床检验中心认可，HIV初筛实验室在2007年通过省级卫生主管部门认可。
微生物免疫科建立了一套完整的全面质量管理体系，开展了大量特殊检查项目，接收渝东北片区各医疗机构送检样本，实现了科室优势资源在全区共享。我科各实验室每年定期参加卫生部临床检验中心、重庆市临床检验中心室间质评活动,全部取得优秀成绩。目前正在进一步完善实验室质量管理、生物安全管理、操作规程的修订工作，按照ISO15189医学实验室质量和能力认可准则标准要求，持续改进，使科室各项工作迈向更高水平。
临床微生物实验室
临床微生物实验室现有梅里埃Bac T/Alert 3D240全自动培养系统、梅里埃VITAK2全自动细菌鉴定和药敏系统、二氧化碳培养箱等设备，能进行各种标本的病原微生物包括真菌、细菌等培养鉴定和药敏试验，支原体培养和药敏试验，细菌内毒素、深部真菌感染快速检测，空气检测，细菌致病性和耐药性研究等工作。
临床免疫实验室
临床免疫实验室现有瑞士罗氏E170电化学发光分析仪、美国德灵BNP特种蛋白分析仪、芬兰雷勃MK-3酶标仪、芬兰雷勃WASH-洗扳机、OLYMPUS荧光显微镜、时间分辨仪、蛋白芯片分析仪等高精设备，开展了各种感染性疾病免疫学检查;免疫球蛋白、补体、和微量蛋白检测;心肌梗死、心衰标志物定量检测;各种肿瘤标志物检测;各种自身抗体检测。
HIV初筛实验室
HIV初筛实验室通过省级卫生主管部门验收合格，是渝东片区唯一具有HIV筛查资质的临床实验室。目前实验室严格按照二级生物安全实验室规范要求设置，能够开展HIV、梅毒、丙型肝炎等检查。
优生遗传实验室
优生遗传实验室主要承担婚前孕前及妊娠中的优生优育相关检查、不孕不育和遗传学相关检查，目前已开展精液分析、TORCH检查、不孕不育抗体检测、细胞培养染色体分析等检查项目。
临床基因扩增实验室
临床基因扩增实验室是重庆市最早开展临床基因扩增的实验室之一，是渝东片区最早获得国家卫生部临床检验中心验收合格的实验室。我科有6人参加重庆临床检验中心举办的PCR技术培训并取得上岗证书。实验室拥有瑞士罗氏公司的LightCycler荧光定量PCR仪，FYY-3型分子杂交仪，美国PE9600型扩增仪，BSC1200-B2生物安全柜等仪器设备。目前开展有乙肝病毒DNA定量检测、乙肝病毒耐药株检测、丙肝病毒RNA定量检测，结核杆菌、巨细胞病毒、沙眼衣原体、解脲脲原体等各类病原体DNA检测，HPV(人乳头瘤病毒)基因分型，地中海贫血的基因检测。定期参加卫生部临床检验中心和重庆市临床检验中心组织的相关项目的室间质评，成绩均优秀。
