垫江县人民医院肛肠科建立于20世纪50年代初，经过几代人的努力，现已发展成为全县肛肠外科的临床教学中心，拥有床位20张，专科医师5名，其中副主任医师2名，主治医师1名，医师2名。曾先后在华西医科大学、重庆医科大学、第三军医大学、中国中医研究所、成都中医药大学进修学习，发表国家、省市级学术论文十余篇，为全县各级医疗单位培养了大批的肛肠外科医生。 2004年2月15日正式成立垫江县大肠肛门疾病治疗中心，与重庆医科大学、第三军医大学、成都中医药大学等保持广泛的联系和技术合作。科室开展电子结肠镜、排粪造影、结肠运输试验、数字胃肠、结肠透析等项目。
主要开展混合痔、外痔、各期内痔、肛瘘、直肠阴道瘘、肛裂、肛周脓肿、肛窦炎、直肠脱垂、直结肠息肉及肿瘤、骶尾部肿瘤、肛门失禁、肛门直肠狭窄、肛门皮肤性病、肛门、结直肠外伤及异物、肛门外科整形、炎性肠病、慢性顽固性便秘等手术。在治疗高位复杂性肛瘘、肛周脓肿、混合痔、便秘等方面独具专科特色。率先在全县开展肛周脓肿一次根治术、PPH手术及便秘的诊断治疗等。诊疗技术在全县领先，在群众中有较高的声誉。
