湘雅医院胃肠专科是普通外科的一部分，于2004年成立胃肠外专科。该科在临床医疗、教学、科研方面具有雄厚的技术力量，是省内规模最大的学科之一。有博士导师2人、正副高级职称5人、主治医师2人、博士生10人、研究生20人、主管护师3人、护师3人、护士6人。
临床治疗主要是胃肠道外科疾病、胃肠及腹腔肿瘤、腹壁各类疝、痔、肛瘘、腹部腹腔镜手术等，其中胃癌手术、结肠癌手术、低位直肠保肛手术、胃肠道腹腔镜手术、无张力疝修补手术、吻合器痔切除手术达到国内先进水平。
开设专科有胃肠肿瘤、肛肠外科肠瘘、肠内外营养等，病房常年设置一支专业技术力量雄厚、责任心强的医护队伍，多年来开展以病人为中心的整体医疗护理服务，医护人员在各自岗位上认真履行职责，坚持科主任、主治医师、住院医师、护士长各级查房制度，为病人的正确诊断、治疗和护理提供了根本保证，满足了病人身心需要，深受病人好评。科室配备有肛肠门诊手术室。拥有多套腹腔镜、电子肠镜等先进设备。
胃肠外科主要研究方向是胃肠道肿瘤的诊治、微创外科在胃肠疾病（包括胃肠道良、恶性肿瘤）的应用和痔瘘的无痛治疗。每年开展胃肠道肿瘤根治手术数七百余例，居于省内前列。同时己完成腹腔镜胃癌、结直肠癌根治数十例。其中全结肠切除、微创腹腔镜治疗胃肠道肿瘤、腹腔镜辅助上腹联合脏器切除等技术达国内领先水平。肛肠方面开展了盆底动力性疾病及其与肛门疾病的关系的研究。痔的吻合器切除PPH达国内先进水平。
该科从70年代开始开展静脉营养与肠内营养的临床应用和实验室研究，率先对手术营养不良、短肠综合征、肠瘘及危重病人的营养支持治疗。根据病情及需要，设计营养素齐全，符合生理要求的治疗饮食，使患者能够得到补偿消耗、恢复体力、降低分解、促进合成，维持机体内环境的稳定，促进伤口愈合，使机体能早日康复。并即将成立湖南省医学会普通外科肠内、肠外营养专业学组，促使营养支持治疗上了一个新台阶。
该科在科研方面频出成果，获科研课题15项，其中国学自然科学基金课题1项，获部省级10项。
在科室所有医护人员的努力下，形成了一套自具特色的医疗体系。
1.胃肠道晚期肿瘤整体序贯综合治疗 ：胃肠道晚期肿瘤被认为不治之症，采用整体序贯综合治疗，周期半年至两年，效果显著，明显延长患者的生存时间，提高患者生活质量。胃肠道晚期肿瘤根治术，术后大肠癌病人5年生存率达90%，胃癌病人术后5年生存率达70%，其技术均处于国内领先水平。
2.低位直肠癌的保肛治疗 ：直肠癌的改道手术给患者术后的生活带来极大的不便，传统观点认为，距肛缘 7ｃｍ 以上直肠癌患者才具有保肛条件。该科通过长时间的摸索，现在已经对距肛缘5ｃｍ以上的肿瘤在保肛的情况下进行根治，并对 4ｃｍ以下的早期肿瘤保肛或从骶前入路进行局部切除，同时结合辅助放化疗，进一步提高保肛率，改善病人的生存质量和生存率，已经取得了良好社会效益和经济效益。该科还率先在省内开展直肠癌腹腔镜全直肠系膜切除TME超低位保肛术式，该手术因创伤小、出血少、神经保护确切、保肛率高、术后恢复快等优点深受病人的欢迎。
3.胃肠道遗传学疾病：该科与国家著名的遗传学专家夏家辉院士合作，使胃肠道遗传学疾病基础研究与临床治疗达国际先进水平。
4.肠瘘处理：该科与南京军区医院黎介寿院士合作，共同研究开发肠瘘治疗技术问题，并特派医务人员到南京军区医院取经。使该科在肠瘘治疗方面拥有雄厚的技术力量，且不断壮大。
5.腹腔内巨大肿瘤的切除 ：腹腔内巨大恶性肿瘤切除是风险大、效果差的一种手术，该科经过长期的摸索，已经总结出了一套行之有效的以手术切除为主的综合治疗方案。
6.腹股沟疝的无张力修补，复发率极低 ：腹股沟疝的常规手术修补复发率约为 10% ，特别是老年患者手术复发率更高，为了降低复发率，减轻患者痛苦，引进了腹壁修补的一种高分子材料补片，同时改进手术方式，使术后复发率降低至 1% 以下，基本保证患者手术后不复发。 腹壁巨大切口疝采用补片修补，术后复发率低，效果好。
7.PPH技术的开展：该科在省内率先与新加坡合作，开展此项技术，成功治愈数百例患者，并受到病友的好评。
8.内镜、B超与手术的近乎完美结合 ：一般来说，内镜和B超与临床科室分开，而该科与相关科室密切协作，由本科医生自己操作，最大限度方便与临床结合。
9.肠瘘系列治疗针对肠瘘不同位置、不同时期，结合当地经济不发达情况，经过长期探索、创新形成一套行之有效的低价、有效的系列治疗方案。
10.胃肠道恶性肿瘤根治术：能够熟练完成贲门癌、胃癌、小肠肿瘤、结肠癌、直肠癌等各类根治术。
11.微创手术及治疗：该科将开展国际最先进胃肠癌晚期微创介入治疗。
12.肛肠疾病特色治疗。
