浙江医院从1954年开院起即设有中医科。第一任学科带头人为国家级名中医杨继荪主任医师（1915年—1999年），任期从开院—1970年，在任职期间曾与杭州胡庆余堂制药厂共同合作，在省内首先将“杞菊地黄丸”改制为“杞菊地黄液”，服后易吸收，提高了临床疗效，为传统中药的剂型改革开创了先河。第二任学科带头人为国家级名中医吴士元主任医师（1912年—1994年）任期1971年—1984年，在长期积累临床经验的基础上，曾与兰溪天一制药厂合作研制了“血脂灵”、“芙扑感冒冲剂”等新型中成药，临床疗效显著，是广大群众所喜欢的治疗药。第三任学科带头人为余永淦主任医师（1938年—），任期1985年—1997年，在学术上开展了以治疗老年性疾病为特色的中医门诊。第四任学科带头人为许雅萍主任医师（1951年—），任职1998年至今，在学术上继续完善老年性疾病的特色治疗，并开展了中医养生保健诊疗法；在临床中注重中西医结合，并申报多项省部级、厅局级科研项目，以提升中医的诊疗效果。
目前中医科有主任医师2名，副主任医师3名，硕士研究生1名，技术力量雄厚，全科开展了有中医特色的消化系疾病、呼吸系疾病、肾系疾病和妇科疾病的诊治门诊。完成的课题有“益气活血法治疗慢性萎缩性胃炎的临床疗效观察”和“老年骨质疏松的发病调查及临床治疗观察”等，并在省级和国家级医学杂志上发表学术论文30余篇，编著由浙江科技出版社出版的《生命小百科》丛书中12万字的（家庭医生篇），参与浙江省第一届西学中的教材编写和全国第一届中草药会展的审查。
在临床上对慢性胃炎、胃、十二指肠溃疡病、慢性结肠炎、失眠、植物神经紊乱综合症、更年期综合症、月经失调、肥胖症、疲劳综合症、急慢性咳嗽、急慢性肾系疾病、老年病、肿瘤康复等均有较高的治愈率。
在冬令季节，每年的 11 月 15 日起至 12 月 30 日，中医科每位副高以上的中医师会根据就诊者的个体差异推出传统的“冬令膏滋药”，以强壮身体，起到无病防病，有病治病的目的。
目前开展的课题：1.与院ICU合作正在临床上进行“中西医结合治疗重症脓毒血症”的省重点专科课题。2.不同中医证型脓毒疟类患者内皮细胞功能的变化。3.不同中医症型MODS伴GIDF的病理生理研究。
