扬州妇幼保健院普儿科设有普通门诊、专家门诊、哮喘门诊，尤其对呼吸系统、消化系统、心血管系统疾病的诊治及危重病儿的抢救具有丰富的临床经验，普儿科现有高级专家7人，对儿科疑难病症有较高的诊治水平。
扬州妇幼保健院新生儿科成立于1985年，开设床位25张，有医护人员21名，其中高级技术人员4名，中级技术人员6名。对危重症新生儿进行全方位监护、抢救和治疗。可对呼吸衰竭患儿进行机械通气治疗，对极低体重儿使用全静脉或部分静脉营养，对重度窒息、缺氧、缺血性脑病儿用高压氧舱进行治疗等。对新生儿消化系统、呼吸系统、循环系统疑难杂症及早产患儿具有丰富的诊治经验。
近几年新生儿科发展迅速。2000年8月成立新生儿重症监护室，先后配备了进口及国产呼吸机，多功能监护仪、远红外抢救台，进口及国产暖箱，进口可移动式蓝光床，便携式微量血气分析仪等。先进仪器的使用加上精湛的诊疗技术，使新生儿治愈率和抢救成功率不断提高。另外，还提供新生儿转诊免费转运服务。
