肛肠外科是国内最大的结直肠外科及痔瘘肛周疾病专业诊治中心，也是国内率先建立结直肠癌多学科综合治疗研究基地。病房现有择期手术床位84张，急诊加床12张;分为结直肠疾病、肛门痔瘘疾病两大专业片区。每年诊治各种结肠/直肠/肛门/肛周疾病患者近三万人次，年手术量二千多台。80年代初期成立至今的肛肠外科专业组，历经20多年的努力，累计治疗结直肠肛门疾病患者26000余例，尤其是近十年来，已在锐性解剖学游离技术、微创化操作技术、全程快速无血化热切除技术、功能化手术效果、合理化根治手术方案、规范程序化手术质控标准、无并发症外科理念等多方面使结直肠癌临床治疗提升到一个全新高度;直肠癌手术的保肛率逐步从26%增加到98%，特别是极限保肛手术的应用使极低位的直肠肛管癌，也能进行根治性保肛手术;同时患者的5年生存率也从低于40%升高到80%，术后近期3年内局部复发率降低至1.8%;吻合口瘘发生率进一步降低到1%左右。与此同时，针对复杂性痔瘘、直肠粘膜脱垂、直肠前突、顽固性便秘、重度溃疡性结直肠炎、多发性结直肠息肉等肛肠常见疾病，开展了多项新技术也取得较好临床疗效。
