华西医院病理科是全国最大的病理科之一。科室集医疗、教学、科研工作于一体，现有11名病理学家和教授、3名副教授、9名讲师、9名住院医生、30余名在读研究生，以及约30名来自全国各地的进修医生。
华西医院病理科承担了华西临床医学院（临床医学8年制、7年制和5年制及医检、医技、护理专业）、口腔医学院、基础与法医学院的病理学教学任务。针对进修医生和住院医生培训开展了为期一年共120学时的诊断病理学课程。科室还有可供硕士研究生和博士研究生选择的2门主修课程：分子病理学和现代组织病理技术（介绍当代病理学研究技术）。2003年《病理学》入选教育部国家级精品课程。教研室在华西临床医学院教学评比中连续多年获一等奖，2004年病理学教研室获得四川省高等教育教学成果一等奖，2005年又获得国家高等教育教学成果二等奖。
2004全年完成医疗工作：36671例外检、11994例细胞学的病理诊断。此外，四川大学华西医院病理科还是中国西南地区的主要病理会诊中心，2004全年接受的来自全国的疑难会诊3596例。科室现已成为全国最大的住院医生和进修医生培训中心之一，并且计划在未来几年内招收20-30名住院医生，进一步扩大住院医生培训队伍。
病理研究室是四川省重点实验室，拥有分子病理学、细胞信号转导与凋亡研究室等实验室。病理研究实验室可为教职员和研究生提供大量的技术支持，包括普通的组织学技术和一些现代实验技术如冰冻切片、免疫组织化学、图像分析、电子显微镜、细胞培养、分子生物学、蛋白质化学及激光捕获显微切割技术。此外，医院还有一些共享设备如共聚焦显微镜、流式细胞术等。长期以来，病理科在软组织病理和淋巴造血组织肿瘤的研究处于国内领先水平。近年来的科学研究工作获得了国家杰出青年基金、国家自然科学基金、973项目、CMB基金等多项资助。近5年来，发表论文335篇，其中SCI/EI论文14篇；主编和参编专著17部。曾获得四川省科技进步一等奖。
