病理学是研究疾病病因、发病机制和组织形态改变的学科，也是沟通基础医学与临床医学的桥梁学科。通过对人体各种活体组织、细胞学等的组织形态学观察，为临床提供明确的疾病诊断、决定治疗原则、估计预后因素等。在医学科研方面，通过对人体和实验动物的各种组织器官的生理、病理学研究，为医学科研提供可靠、客观的科学依据和一定的基础科学理论。
该院病理科是集临床病理诊断、教学、科研于一体的重要科室。现有医技人员6人：其中诊断医师3人（正高1人，中级1人，初级1人）；实验技术人员3人（中级2人，初级1人）。该科室近年来参加北京市病理质控评价并连年获优秀称号。
现有主要仪器设备有：OLYMPUS显微镜5台；Leica-ST5020型多功能染色机、自动封片机；CM1850冷冻切片机：Leica-RM2235石蜡切片机，Leica捞、烤片仪，Leica-TP1020型组织脱水机；常州中威组织包埋机，彩色图像分析系统等先进仪器。
目前开展的项目有：全身各系统组织病理及细胞学病理诊断；术中冷冻快速病理诊断；疑难病理会诊；特殊组织化学染色、免疫组织化学技术；彩色病理图像分析及摄像等多个项目。另外，多年参加并承担了国家攻关、国家自然科学基金、国家中医药管理局等重大科研课题有17项，其中9项课题获科技成果奖。
