北京市性病防治所成立于1987年2月11日，原名为北京市皮肤病防治研究中心，是当时全国的十六个性病监测点之一。在市卫生局的领导下，担负着全市性病防治的具体业务工作。建所以来专业技术人员不断得到充实加强，建立了一支性病防治的专业队伍。为了方便患者，坚持节假日全天门诊，实现了全年无休息日的门诊，吸引更多的患者到正规医院接受治疗。男女分开的诊室，患者一对一的诊疗，医务人员耐心细致的解答，为患者提供了宽松的就真环境，保证了对患者保守秘密。为了更好的为患者服务，不断加强实验室建设，增加了检测项目为临床诊断提供了科学依据。并对区县性防所给予技术指导，帮助他们完善实验室检测。近几年来结合临床工作需要，开展了二氧化碳激光治疗、前列腺射频治疗及妇科治疗等，使北京市性病防治所的知名度不断提高，门诊量逐年增多。
1988年3月开设了北京市首家性病专科门诊。1989年6月，市卫生局为了进一步加强本市的性病防治工作，决定将北京市皮肤病防治研究中心挂靠到北京市卫生防疫站，改名为北京市性病防治所，原有各项性病防治任务均由北京市性病防治所继续承担。1990年12月30日经市卫生局决定，将北京市性病防治所挂靠到北京佑安医院。佑安医院院长兼性病防治所所长。党政管理及财务纳入北京佑安医院，对外为独立业务单位。承担全市性病的诊断、治疗、预防、宣教、培训、高危人群监测、疫情管理、科研等任务。
在市卫生局和佑安医院领导的大力支持帮助下，市性病防治所于1995年完成了扩建工作，改善了就诊环境，开设了首家不记姓名、不记地址的性病门诊。当时的何鲁丽副市长亲自为性病防治所新门诊启用剪彩，扩大了性防所的影响，推动了北京市性病防治工作。
