辅助生殖中心成立于1997年，1997年7月首例人工授精成功，1999年4月首例试管婴儿成功，2002年2月首例卵泡浆内单精子显微注射-胚胎移植成功，2002年6月首例多胎妊娠减胎术获得成功。2003年10月首例冷冻胚胎移植成功。中心现位于综合大楼4楼，按卫生部颁发的《人类辅助生殖技术与人类精子库相关技术规范、基本标准和伦理原则》建立了IVF实验室、人工授精实验室、净化层流工作区及胚胎冻融室。中心工作人员由妇产科医师、泌尿男科医师、遗传学、生物学、临床检验诊断学、专业护理人员等组成，其中硕士6名，博士3名。中心依托重庆医科大学的教学和科研实力，始终走在专业技术发展前列，临床诊疗水平和实验室操作技能不断完善和提高。
