中医科于1959年建科，是全疆综合医院中第一个中医科，当时兵团卫生处周衡处长亲自参加中医科成立仪式。科室由陈克年医师负责,医师有刘新民，冯济生，设床位15张。1959年中医科改称新医组，与肿瘤组合作开展肿瘤的中西医结合治疗工作，1961年撤消。1974年成立中西医结合病房，由李兴培医师负责，拥有床位21张，1975年撤消。1980年4月14日恢复中医科建制，床位设36张，半年后加至43张（内含皮肤科6张）。由李兴培医师负责，1981年任命李兴培、彭钰第主治医师为中医科副主任。1984年李兴培任中医科主任。
1988年内科大楼竣工，中医科迁至内科楼7楼病房，并成立血流变及微循环实验室。1992年李兴培主任医师成为享受国务院“政府特殊津贴”国家一级中医药专家，先后获国际金奖2次，省级科技进步奖2项，省级科技成果1次，省级优秀图书奖1项，院级科技成果2项，主编和参编已出版专著22部。1992年，人事部、卫生部、国家中医药管理局审定李兴培教授为我国首批500名带学术继承人的老中医药专家之一，学术继承人宁建武副主任医师经专家组全面考核合格于1994年底出师。
